肽質量指紋譜鑒定蛋白質時生物信息學分析條件的優化

摘　要　為了優化肽質量指紋譜(pep tide mass fingerp rint, PMF)鑒定蛋白質的生物信息學分析條件。將牛碳酸酐酶2 ( carbonic anhydrase22, CAH2)和人熱休克蛋白70 s (Hsp70 s)進行22DE分離、酶解,肽段經過MALD I2TOFMS分析得到PMF數據。選擇Swissp rot、MSDB、NCB Inr、Random等數據庫和MASCOT與MS2Fit搜索引擎,以牛CAH2為模型優化搜索參數,結果表明: Swissp rot是適合做蛋白PMF分析的數據庫;主要參數最佳設置為:漏切位點數為1個,肽質量容錯數為±1 Da,同時肽質量類型選擇平均分子質量比單同位素質量更便于候選蛋白的篩選。最后用人Hsp70 s蛋白的PMF數據檢驗優化條件,結果表明,所選擇的數據庫及參數是可靠的。