雙鏈DNA探針隨機引物合成法
??? 隨機引物合成雙鏈探針是使寡核苷酸引物與DNA模板結合,在Klenow酶的作用下,合成DNA探針。合成產物的大小、產量、比活性依賴于反應中模板、引物、dNTP和酶的量。通常,產物平均長度為400-600個核苷酸。利用隨機引物進行反應的優點是:(1)Klenow片段沒有5'→3'外切酶活性,反應穩定,可以獲得大量的有效探針。(2)反應時對模板的要求不嚴格,用微量制備的質粒DNA模板也可進行反應。(3)反應產物的比活性較高,可達4×109 cpm/μg探針。(4)隨機引物反應還可以在低熔點瓊脂糖中直接進行。 材料: 待標記的DNA片段。 設備: 高速臺式離心機,恒溫水浴鍋等。 試劑: (1)隨機引物(隨機六聚體或斷裂的鮭魚精子DNA)。 (2)10×隨機標記緩沖液:900mmol/L HEPES (pH6.6); 10mmol/L MgCl2。 (3)Klenow片段。 (4)20mmol/L DTT。 (5)未標記的dNTP溶液:dGTP、dCTP和dTTP溶液,各5mmol/L。 (6)[α-32 P] dATP:比活性>3000Ci/mmol, 10μCi/μl。 (7)緩沖液A:50mmol/L Tris?Cl (pH7.5); 50mmol/L NaCl; 5mmol/L EDTA (pH8.0); 0.5% SDS。 操作步驟: (1) 200ng雙鏈DNA(1μl)和7.5ng隨機引物(1μl)混合后置于eppendorf管內,水浴煮沸5分鐘后,立即置于冰浴中1分鐘。 (2) 與此同時,盡快在一置于冰浴中的0.5ml eppendorf管內混合下列化合物: 20mmol/L DTT 1μl 未標記的dNTP溶液 1μl 10×隨機標記緩沖液 1μl [α-32 P] dATP(比活性>3000Ci/mmol; 10μCi/μl) 3μl ddH2O 1μl (3) 將步驟(1)eppendorf管中的溶液移到步驟(2)管中。 (4) 加入5單位(約1μl) Klenow片段, 充分混合,在微型離心機中以12000g離心1-2秒, 使所有溶液沉于試管底部,在室溫下保溫3-16小時。 (5) 在反應液中加入10μl緩沖液A后,將放射性標記的探針保存在-20℃下備用。同時計算放射比活性。
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