原理：

此技術建立于PCR基礎之上，使用一系列具有10個左右堿基的單鏈隨機引物，對基因組的DNA全部進行PCR擴增，以檢測多態性。由于整個基因組存在眾多反向重復序列，因此須對每一隨機引物單獨進行PCR。

單一引物與反向重復序列結合。

使重復序列之間的區域得以擴增。

引物結合位點DNA序列的改變以及兩擴增位點之間DNA堿基的缺失、插入或置換均可導致擴增片段數目和長度的差異，經聚丙烯酰胺或瓊脂糖凝膠電泳分離后通過EB染色以檢測DNA片段的多態性。

RAPD的缺點：

RAPD圖譜中某些弱帶重復性較差，而且目前該法在引物長度和序列及應用的引物數目、擴增反應條件等實驗技術方面未標準化，影響了不同條件下結果的可比性；

每個標記含有的信息量小；有假陽性或假陰性結果；顯性標記，無法區分從一個位點擴增的DNA片段是純合的還是雜合的，無法進行等位基因分析。用在種以上類群間的比較時無法得到可靠的遺傳距離。