1. 基化特異性PCR。

甲基化特異性PCR(MSP)是Herman等首先提出的一種檢測基因組DNA甲基化水平的常用方法。該法是將DNA經亞硫酸氫鈉處理，非甲基化的胞嘧啶轉變為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變。

在PCR反應時，設計兩套不同的引物對：一對引物序列針對經亞硫酸氫鈉處理后的甲基化DNA鏈設計，若用該對引物能擴增出片段，說明該檢測位點發生了甲基化；另一引物針對經亞硫酸氫鈉處理后的非甲基化DNA鏈設計，若用該對引物能擴增出片段，說明該檢測位點沒有甲基化。

兩對引物都具有很高的特異性，與未經處理的DNA序列無互補配對。MSP引物覆蓋序列中必須含有一個或一個以上的CpG島，以保證引物的特異性，經克隆測序就檢測出引物所覆蓋序列的甲基化位點，引物覆蓋序列中CpG島所占比例越高，甲基化DNA檢出率越高。

該法不足之處在于：引物的選擇和設計非常關鍵，否則易導致假陽性；如果亞硫酸氫鈉對DNA處理不完全，也易導致假陽性。可通過限制性內切酶酶解法檢驗PCR產物作進一步判斷。

2. 性高效液相色譜法。

Oefner等提出變性高效液相層析(denaturing HPLC，DHPLC)用于單核苷酸和DNA分析。

鄧大君等將該法改進并與PCR聯用建立了一種檢測甲基化程度的分析方法，其原理是將經重亞硫酸氫鈉處理的DNA產物進行差異性擴增，由于原甲基化的胞嘧啶經亞硫酸氫鈉處理被保留，因此在隨后的PCR擴增時，其變性溫度也相應上升，使PCR產物在色譜柱中保留的時間明顯延長，從而判定出PCR產物的DNA序列甲基化狀況。

3. 合亞硫酸氫鈉限制性內切酶分析法。

聯合亞硫酸氫鈉限制性內切酶分析法原理=先對樣本DNA行亞硫酸氫鈉處理后，PCR擴增目的片段，隨后用限制性內切酶消化，此酶識別序列中需包含CG序列，如BstUI(CGCG)。

若其識別序列中的C發生完全甲基化(5mCG5mCG)，則PCR擴增后保留為CGCG，BstU I能夠識別并進行切割；若待測序列中，C未發生甲基化，則PCR后轉變為TGTG，BstUI識別位點丟失，不能進行切割。

這樣酶切產物再經電泳分離、探針雜交、掃描定量后即可得出原樣本中甲基化的比例。Brena等聯用COBRA和Agilent 2100 Bioanalyzer對酶切產物進行直接分析，使COBRA的定量更快速，準確且無放射性污染。

該法的優點是：方法相對簡單，不需預先知道CpG位點及樣本序列；可進行甲基化水平的定量研究：需要樣本量少，可用于石蠟包埋樣本的分析。缺點是：只能獲得特殊酶切位點甲基化情況，因此檢測陰性不能排除樣品DNA中甲基化存在的可能；由于酶和PCR的使用，序列分析受到限制。

4. 基化敏感的單核苷酸引物延伸法。

甲基化敏感的單核苷酸引物延伸法(Ms-SNuPE)可用于快速判斷DNA片段中某些具體位點的甲基化狀況。其原理：樣本DNA經亞硫酸氫鈉修飾，PCR擴增目的片段，產物電泳分離后作為Ms-SNuPE模板。分別針對所檢測的CpG位點設計上游引物，使3’-端引物緊鄰C。

然后將模板、引物、Taq酶及32p標記的dNTP混合，進行單核苷酸延伸反應。若所檢測的CpG位點發生甲基化，則32p標記的C摻入到PCR產物中；反之，未甲基化摻入的則為T。再電泳分離產物，成像。根據某- CpG位點的C/T信號強度比，可定量其甲基化程度。

也可不經電泳，PCR產物直接轉移到尼龍膜上，成像后即可得到所測多個CpG位點的平均甲基化程度。Ms-SNuPE可快速定量多個CpG位點的甲基化程度，但它不能對較長的序列進行全面的考察，且檢測多個CpG位點時，需設計較多的引物。