HRM技術服務之SNP檢測
單核苷酸多態性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs),指單個核苷酸堿基的改變,包括置換、顛換、缺失和插入,導致的核酸序列的多態性。在不同個體的同一條染色體或同一位點的核苷酸序列中,絕大多數核苷酸序列一致而只有一個堿基不同的現象,這就是SNP。SNP在人類基因組中數量較多,發生頻率較高,因此被認為是繼微衛星之后的新一代遺傳學標記。
HRM檢測SNP技術是依據在一定的溫度范圍內將PCR擴增的產物進行變性,期間實時檢測體系內熒光信號。熒光值隨著溫度變化,可繪制溶解曲線。每一段DNA都有其獨特的序列,因而也就有了獨特的熔解曲線形狀,如同DNA指紋圖譜一樣,具有很高的特異性、穩定性和重復性。根據曲線準確區分野生型純合子、雜合子和突變性純合子(下圖)。
檢測SNP的方法有很多種。成本較低、通量較大的方法大都局限于已知、特定位點,如Taqman探針法。既要對已知位點分析又要查找未知位點,一般采用PCR+測序的方法,成本高、操作繁復較低。
作為新一代的遺傳掃描工具,HRM技術是一種低成本、高通量、快速,且不受位點局限的檢測方法,是SNP篩查的最佳選擇。其具有"簡、效、快、廉"等其他技術難以比擬的優勢:
簡:無需序列特異性探針,不受堿基位點局限,同時檢出已知或未知突變、SNP和甲基化位點:閉管操作,避免交叉污染。
效:最低檢測0.1%-0,01%的突變或異常甲基化檢測SNP靈敏度和特異性均為100%。
快:1次同時不多于384個樣本,在60-90分鐘內完成檢測。
廉:簡化操作步驟、降低人工和試劑成本,費用遠少于測序、Taqman探針等方法。
HRM技術特別適用于樣本量多、檢測位點較少的SNP、突變或甲基化分析,是不同于基因芯片檢測方法(檢測位點多,樣本少)的高通量方法。同時,也是基因芯片篩選后的多個基因在更多標本中驗證的最佳方法。
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