S1核酸酶保護實驗
一、材料準備
4μL5X T4激酶緩沖液
5 μl [γ-32P] ATP(7000次/毫摩爾)
10 μl 水+寡核苷酸(200毫微克)
1 μl T4激酶
1. 37攝氏度1小時 2. 熱失活,在75℃下10分鐘。 3. 加入1 μl 糖原(20毫克/毫升),2 μl 4M乙酸銨,90 μl 的乙醇。
4. 重懸沉淀,26 μl 水,并加入26 μl 4M醋酸銨,110 μl 乙醇。
5. 重懸沉淀,在5 μl 的水混合。
二、實驗步驟
PCR產生的單鏈DNA探針 20 μl 消化的質粒(切5 μg 質粒的體積為20 μl)5 μl 標記的寡核苷酸10 μl 10X Taq緩沖液6 μl 25 mM MgCl2的10 μl DMSO 2 μl 10 mM 的dNTP 1μL Taq DNA聚合酶的PCR 14個循環運行在6%至8%聚丙烯酰胺/尿素凝膠切出探頭和洗脫S1映射 。
1. 共沉淀物的RNA + 1E4 cpm的探針,通過調整最終體積至100 μl,0.3M的醋酸鈉和鹽。加入250 μl 乙醇。
2. 沉淀用70%乙醇和干燥的速度VAC 2分鐘洗凈。不要過干,雜交,在一個單獨的管預混合鹽(4 μl 的預混合/ RXN):預混合:2微升5M氯化鈉1.6 μl 0.5M PIPES,pH值7.0 0.2 μl 0.1M EDTA,pH值7.0 0.2μl水。
3. 以下內容添加到您的樣品:16 μL甲酰胺4 μl 預混合鹽。
4. 渦蓬勃發展。
5. 孵育,100℃,3分鐘。
6. 立即轉移到58℃,孵育過夜。S1消化緩沖液(最終濃度):300 mM 的NaCl 的30 mM 醋酸鈉,pH5.5 2 mM 的硫酸鋅1000單位/ ml 對于1 ml 的消化緩沖液中的S1核酸酶:加入60μl5M NaCl溶液中10 μl 3M醋酸鈉,pH 5.5的20 μl 0.1 M 硫酸鋅2.5 μl S1核酸酶(400U /μl)907.5 μl 的水。
7. S1消化緩沖液中加入200 μl 的樣品。
8. 在37攝氏度下孵育45分鐘。
9. 加入1微升糖原(20 mg/ml),500 μl 的EtOH中,在冰上沉淀15分鐘。
10. 4攝氏度旋轉30分鐘。
11. 用70%的乙醇進行清洗。
12. SpeedVac離心,加入5 μl 甲酰胺上載染料(5X TBE,45%甲酰胺,0.25%溴酚藍)。煮沸3分鐘,并放置在冰上。
13. 樣品。運行在6-8%丙烯酰胺凝膠,干凝膠,并揭露電影。