逆轉錄PCR的實驗步驟
一、實驗器具與材料: 1、移液槍:1ml、200μl、20μl、10μl、2μl
2、吸頭:1ml、200μl、20μl
3、勻漿管:5ml
4、吸頭臺:放置1ml吸頭的一個,放置20μl吸頭的一個
5、EP管:1.5ml、0.2ml、100μl
6、試劑瓶:2個60ml的棕色試劑瓶(廣口,帶蓋);1個125ml的白色試劑瓶(放無水乙醇)
7、量筒:50ml、250ml、500ml
8、容量瓶:250ml、500ml、1000ml
9、試管架:5ml、1.5ml、20μl
10、鹽水瓶:250ml、500ml各2個備用,一個裝無水乙醇,另一個裝DEPC水
11、鋁制飯盒:4個
12、塑料小飯盒:1個
13、大瓷缸:2個
14、錫泊紙:一卷
15、卷紙:2卷
16、三角燒瓶:帶蓋,稍大 二、實驗器具的處理與準備 1、塑料制品:(包括槍頭、EP管、勻漿管等)先將DEPC水從容量瓶中倒入瓷缸中,將塑料制品逐個浸泡其中,其中小槍頭需要吸管打入DEPC水,過夜,然后高壓,再烤干備用,實驗前將槍頭等放入吸頭臺,再高壓一次(EP管)
2、玻璃制品:泡酸過夜,沖洗干凈,蒙錫紙烤干備用(DEPC水泡)(洗凈后先泡1‰DEPC過夜,再烤干)
3、勻漿器:(包括剪刀、鑷子)先洗凈后,再高壓(不需要泡DEPC) 三、試劑配制:
1、DEPC水:吸出1ml放在1000ml雙蒸水中配成1‰DEPC水,放在1000ml容量瓶中靜置4小時備用。
2、75%乙醇:用無水乙醇 DEPC水配,然后放-20℃保存(其中DEPC水需先高壓)
3、異丙醇:放入棕色瓶中
4、氯仿:放入棕色瓶中
5、瓊脂糖 四、幾種緩沖液的配制: 1、電泳緩沖液:
Tris 54g 硼酸 27.5g 0.5M EDTA 20ml pH8.0 蒸溜水 1000ml 5×TBE (貯存液) 再將5×TBE稀釋10倍成0.5TBE就可以在電泳時使用(即工作液濃度),如取50ml貯存液 450ml水--→500ml工作緩沖液 2、上樣緩沖液:
0.25%溴酚藍 0.25%二甲苯青FF 30%甘油 6×緩沖液,4℃保存 五、瓊脂糖凝膠的配制:
1、1.0%: 1.0g瓊脂糖 100ml電泳緩沖液,微波爐中火30秒至沸騰,熔化的瓊脂物冷卻至60℃時加入10mg/ml溴化乙錠2.5μl,充分混勻,將溫熱的凝膠倒入已置好梳子的膠膜中,在室溫下放置30-45min后現進行電泳。
2、1.5%: 同上,將瓊脂糖的量改為1.5g 六、需購置的Rt-PCR材料:
Taq酶(含MgCl2 Buffer) 200u 70.00 dNTP: 1支 oligo(dT)15: 1 OD 40.00 promega M-MLV: 1支 250.00 promega (Buffer) RNasin: 1支 110 -- -20℃ DEPC 5g 110.00 Trizol 100ml/1瓶 Invitrogen Life technologies -- 4℃ Marker: 10μg 0.2μg/ml 150.00 七、引物合成 1. 正義:5′-CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC-3′ 反義:5′-TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT-3′
2、par-4: 正義:5′-GGGACCTCGGAACTCAAC-3′ 反義:5′-TGTATCTGCCTGGGACTG-3′
3、退火溫度計算: 2(A T) 4(G C) 正反義平均數,再上下波動度(±4℃,或±5℃)
4、引物各合成5 OD,每OD一瓶分裝好
5、引物稀釋: 加DEPC水量為(μl)= ? nmol / OD × 管上所標OD數×100 是為10p mol / μl 濃度的引物溶液 八、PCR產物電泳
先將1-10μl左右PCR產物,加已點在紙上的溴酸蘭,反復吸打混勻后進行電泳,一般電流為10mA,電源100V,電泳30分鐘,紫外燈下觀察,滿意的結果掃描打印。 九、幾個注意點:
1、逆轉錄的關鍵步驟是立即冰水浴。
2、Rt時,先打開PCR預熱30分鐘。
3、RNA抽提前,打開離心機預冷。