引物設計

電泳中的引物問題

1) 使用3%的Agarose凝膠電泳 分析合成的引物，發現有很多條泳帶，為什么?

對引物進行電泳一定要使用變性PAGE電泳 。由于引物是單鏈DNA，容易形成復雜的立體結構，因此進行Agarose電泳時，容易出現多條泳帶，更無法用Agarose電泳進行定量了。

2)能否根據引物電泳后EB染色后條帶的亮度對合成的引物進行定量?

不能。因為EB是通過嵌入到核酸的雙螺旋間而使其著色的。合成的DNA分子 為單鏈，只有通過自身回折形成局部發夾環結構或鏈間形成部分雙螺旋結構，才能被EB染色。由于不同引物的序列不同，形成雙螺旋的能力不同，因此染色能力不盡相同，也就不能根據EB染色帶的亮度來對合成的DNA進行定量。