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非變性2D-PAGE:兩向均在非變性條件下進行,這樣分離的蛋白質點的等電點和表觀分子 量同生理條件下獲得的這些蛋白的值是一樣的;

非變性/SDS-2D-PAGE:第一向采用非變性IEF,之后在2%SDS溶液中平衡;第二向也在SDS存在的條件下進行.適于分析非共價鍵連接的蛋白-蛋白間的相互作用.

非變性/還原/SDS-2D-PAGE:非變性條件下IEF聚焦,之后用8M尿素+5%β-ME+2%SDS進行平衡,再進行第二向SDS-PAG電泳.此 時分離的蛋白質點可進行點的切取、蛋白酶消化、MALDI-TOF-MS分析鑒定,提供關于斷裂二硫鍵連接的多肽的信息.

變性2D-PAGE:樣品先用2%SDS+5%β-ME+95℃變性5min,IEF在8M尿素+1%NP-40條件下進行,之后膠條用2%SDS+5%β-ME平衡,然后進行SDS-PAGE .該技術適于DNA序列和多肽結構的分析,或分析被碳氫鍵連接和其它翻譯后修飾所引起的多肽結構微異質性,但此方式顯示的大于100Kd 的蛋白質點少于第三種方式.