蛋白質折疊過程中自回避搜索的算法研究

摘　要　蛋白質折疊是一個復雜的演化過程。目前廣泛采用H P 格子模型, 可以使分子內部連續的結構空間離散化, 減少分子內部的自由度, 從而較有效地研究蛋白質的折疊機理。在格子模型中, 自回避路徑的確定是搜索折疊構象的關鍵。文章在基于二維H P 格子模型基礎上, 提出了一種簡捷快速的自回避路徑搜索算法, 并在計算機上進行實例檢測及模擬, 產生效果較好的蛋白質折疊構象。但對于長序列, 自回避路徑折疊搜索計算時間將呈指數增長。為了更真實地模擬蛋白質折疊過程, 文章進一步探討了建立并行H P 格子模型思路, 對較長序列的折疊, 其折疊過程不會因為序列長度的增加而快速增大模擬的復雜度, 且符合生命的演化規律。