用EM算法改進鳥槍法蛋白質鑒定中的無標記定量方法

摘　要　蛋白質定量是探索疾病發生發展狀況和尋找新藥靶標的重要手段。在shotgun蛋白組學中,目前常用定量方法包括綜合同位素標記后的質譜峰強度方法和無標記定量方法。根據數據類型無標記定量方法可以分為兩類:基于鑒定蛋白的質譜數的方法和基于質譜峰強度的方法。本研究主要用EM算法改進基于鑒定蛋白質譜數的定量方法,并用免疫印跡實驗獲得的酵母全蛋白的豐度來驗證EM算法改進后定量的有效性。結果表明,改進后的質譜數和蛋白豐度的相關性比改進前有一定的提高。同時,利用這些數據對主要的幾種基于鑒定蛋白的質譜數的模型進行了比較,發現PA I模型最好, SpS模型次之, emPA I模型最不適合于蛋白質定量。