斯坦福大學推出免費的蛋白組學數據庫

斯坦福大學醫學院病理學和遺傳學的助力教授Arend Sidow博士花費6年時間，開發出一套新穎的生物信息學工具。它能夠指導人們確定不同蛋白在生物體中的作用。

ProPhyIER（http://www.prophyler.org）能幫助研究者更輕松地指出蛋白是如何作用的，或者在基因突變時指出它的問題。“無論你是一個細胞生物學家、生物化學家或結構生物學家，ProPhyIER都能就蛋白的功能域生成假說” Sidow表示。

眾所周知，蛋白質是由氨基酸分子組成的長鏈。蛋白質一旦生成，就立刻折疊成獨特的形狀，來決定它的活性。因此，在折疊蛋白質的某些關鍵區域，需要特異的氨基酸；而在其他氨基酸的交換似乎影響不大。

物種的進化經歷了幾億年，蛋白質也是如此。然而，某些東西還是會恒定不變。進化對于蛋白分子的關鍵位置來說，承受了更多的限制。如果改變影響了蛋白功能，這種不幸的生物可能會面臨絕種；如果沒有，這種生物會不斷繁殖，蛋白變異體流傳至今。

僅僅通過蛋白質的氨基酸序列，你根本無法得知哪些區域屬于“商業區”，而哪些是寂靜的村莊。但是，ProPhyIER通過與其它物種的相同蛋白進行比較，向生物學家展示了蛋白質的哪些部分是活性必需的。這對那些了解甚少的蛋白質來說尤其重要。

遺傳學家也將得益于ProPhyIER（它的全稱是PROtein PHYLogenetics and Evolutionary Rates）。我們每一個人都攜帶了好幾萬個蛋白變異體，其中有一部分影響了蛋白功能。對于研究者來說，通過實驗來測定突變對于蛋白功能的影響是非常困難的。ProPhyIER根據進化變異，能預測出突變對于蛋白功能的影響。