一種可用于評估肽質量指紋譜數據的方法——反轉錯位數據庫

《分析化學》2008年04期    
 
  一種可用于評估肽質量指紋譜數據的方法——反轉錯位數據庫
  吳松鋒;薛曉芳;張紀陽;應萬濤;馬潔;錢小紅;朱云平;賀福初
  　　反轉數據庫常被用于估算大規模蛋白質組研究中串聯質譜搜索數據庫結果的可靠性。然而,對于經典的且現在依然在產出的肽質量指紋譜的數據,這種方法并不適用。為解決該問題,構建了另外一種隨機數據庫,稱為反轉錯位數據庫。這種數據庫是在反轉數據庫的基礎上,將序列中的K和R及其后的氨基酸交換位置(對于胰蛋白酶切割的結果)獲得。這種處理避免了某些肽段因前后胰蛋白酶酶切位點氨基酸相同而在序列反轉后質量依然不變,導致肽質量指紋譜法無法區分的問題。通過串聯質譜和肽質量指紋譜測試數據的搜索結果,證明了這種方法同時適用于串聯質譜和肽質量指紋譜的數據。這種方法擴大了經典反轉數據庫的適用范圍,將對評估和整合串聯質譜和肽質量指紋譜的數據具有重要意義。
【作者單位】：軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所 蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所;蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所;蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所;蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所;蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所;蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所;蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所;蛋白質組學國家重點實驗室;北京蛋白質組研究中心;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206;北京102206
【關鍵詞】：蛋白質組;反轉數據庫;反轉錯位數據庫;肽質量指紋譜
【基金】：國家自然科學基金資助項目(Nos.20605028,30321003);北京市科技計劃(No.H03023080590)資助項目
【分類號】：Q51-3
【DOI】：CNKI:SUN:FXHX.0.2008-04-007
【正文快照】：
　　1引言質譜鑒定和數據庫搜索的聯合,已被廣泛應用于大規模蛋白質組研究中。然而,在大規模蛋白質鑒定的過程中,高假陽性率是其中最棘手的問題之一[1]。一般的搜索引擎,諸如Mascot[2]和SEQUEST[3],會通過給每個鑒定結果特定的打分值表示其鑒定結果的可靠性高低。為了評估這些分值