本研究運用通過去除核糖體技術構建的轉錄組文庫的二代測序數據,該項技術理論上可以捕獲較全面的RNA分子。通過深入分析,在小鼠的大腦、睪丸和胚胎干細胞中發現了幾千個新的轉錄本(大部分是非編碼RNA)。這些新檢測到的轉錄本與轉錄起始和延伸的信號密切相關,在這些轉錄本上游,科研人員看到了H3K4me3,RNAPII結合位點和CAGE等標志轉錄起始的特征。...
而傳統方法大多以雙鏈cDNA為初始樣本,難以確定測序所得序列來自轉錄本的正義鏈還是反義鏈而干擾后續數據分析。同時,SOLiD強大的測序能力,使得高通量發掘低拷貝轉錄本成為可能。 3. 基因組所SOLiD測序儀運行情況 目前,ABI公司針對我所SOLiD實驗小組的技術培訓基本結束。SOLiD實驗小組已經具備獨立構建基因組片段文庫和末端配對文庫的能力,所構建文庫各項質量指標基本符合要求。...
而傳統方法大多以雙鏈cDNA為初始樣本,難以確定測序所得序列來自轉錄本的正義鏈還是反義鏈而干擾后續數據分析。同時,SOLiD強大的測序能力,使得高通量發掘低拷貝轉錄本成為可能。3. 基因組所SOLiD測序儀運行情況目前,ABI公司針對我所SOLiD實驗小組的技術培訓基本結束。SOLiD實驗小組已經具備獨立構建基因組片段文庫和末端配對文庫的能力,所構建文庫各項質量指標基本符合要求。...
揭示這些偏差來源的研究,通常使用計算方法對現有的測序數據進行分析,以評估各種測序技術和文庫構建的性能。這種方法的一個缺點是,它可能很難知道覆蓋中的異常現象是自然存在還是由技術問題引起。例如,幾乎所有的 RNA-seq研究有外顯子內覆蓋的差異,這可能來自于共有外顯子部分的自然發生的剪接變體,或者可能是由文庫構建或測序過程中的技術誤差引起。 ...
Copyright ?2007-2022 ANTPEDIA, All Rights Reserved
京ICP備07018254號 京公網安備1101085018 電信與信息服務業務經營許可證:京ICP證110310號