細菌的種類
并可根據形狀分為三類，即：球菌、桿菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺桿菌）。按細菌的生活方式來分類，分為兩大類：自養菌和異養菌，其中異養菌包括腐生菌和寄生菌。按細菌對氧氣的需求來分類，可分為需氧（完全需氧和微需氧）和厭氧（不完全厭氧、有氧耐受和完全厭氧）細菌。按細菌生存溫度分類，可分為喜冷、常溫和喜高溫三類。細菌的發現者：荷蘭商人安東·列文虎克。細菌很小，只能用顯微鏡才能看見。
細菌（Bacteria）是生物的主要類群之一，屬于細菌域。細菌是所有生物中數量最多的一類，據估計，其總數約有5×10^30個。細菌的個體非常小，目前已知最小的細菌只有0.2微米長，因此大多只能在顯微鏡下看到它們。細菌一般是單細胞，細胞結構簡單，缺乏細胞核、細胞骨架以及膜狀胞器，例如線粒體和葉綠體。基于這些特征，細菌屬于原核生物（Prokaryota）。原核生物中還有另一類生物稱作古細菌（Archaea），是科學家依據演化關系而另辟的類別。為了區別，本類生物也被稱做真細菌（Eubacteria）。
細菌廣泛分布于土壤和水中，或者與其他生物共生。人體身上也帶有相當多的細菌。據估計，人體內及表皮上的細菌細胞總數約是人體細胞總數的十倍。此外，也有部分種類分布在極端的環境中，例如溫泉，甚至是放射性廢棄物中，它們被歸類為嗜極生物，其中最著名的種類之一是海棲熱袍菌（Thermotoga maritima），科學家是在意大利的一座海底火山中發現這種細菌的。然而，細菌的種類是如此之多，科學家研究過并命名的種類只占其中的小部分。細菌域下所有門中，只有約一半是能在實驗室培養的種類。
細菌的營養方式有自養及異養，其中異營的腐生細菌是生態系中重要的分解者，使碳循環能順利進行。部分細菌會進行固氮作用，使氮元素得以轉換為生物能利用的形式。細菌也對人類活動有很大的影響。一方面，細菌是許多疾病的病原體，包括肺結核、淋病、炭疽病、梅毒、鼠疫、沙眼等疾病都是由細菌所引發。然而，人類也時常利用細菌，例如乳酪及酸奶的制作、部分抗生素的制造及廢水的處理等，都與細菌有關。在生物科技領域中，細菌有也著廣泛的運用。
細菌是一種單細胞生物體，生物學家把這種生物歸入“裂殖菌類”。細菌細胞的細胞壁非常像普通植物細胞的細胞壁，但沒有葉綠素。因此，細菌往往與其他缺乏葉綠素的植物結成團塊，并被看作屬于“真菌”。細菌因為特別小而區別于其他植物細胞。實際上，細菌也包括存在著的最小的細胞。此外，細菌沒有明顯的核，而具有分散在整個細胞內的核物質。因此，細菌有時與稱為“藍綠藻”的簡單植物細胞結成團塊，藍綠藻也有分散的核物質，但它還有葉綠素。人們越來越普遍地把細菌和其他大一些的單細胞生物歸在一起，形成既不屬于植物界也不屬于動物界的一類生物，它們組成生命的第三界——“原生物界”。有些細菌是“病原的”細菌，其含義是致病的細菌。然而，大多數類型的細菌不是致病的，而的確常常是非常有用的。例如，土壤的肥沃在很大程度上取決于住在土壤中的細菌的活性。“微生物”，恰當地說，是指任何一種形式的微觀生命。“菌株”一詞用得更加普遍，因為它指的是任何一點小的生命，甚至是一個稍大一點的生物的一部分。例如，包含著實際生命組成部分的一個種子的那個部分就是胚芽，因此我們說“小麥胚芽”。此外，卵細胞和精子（載著最終將發育成一個完整生物的極小生命火花）都稱為“生殖細胞”。然而，在一般情況下，微生物和菌株都用來作為細菌的同義詞；而且確實尤其適用于致病的細菌。
根據形態分類
細菌具有不同的形狀。大部分細菌根據形狀分為三類：桿菌是棒狀；球菌是球形（例如鏈球菌或葡萄球菌）；螺旋菌是螺旋形，包括弧菌、螺旋菌和螺旋體。
細菌的結構十分簡單，原核生物，沒有成形的細胞核，沒有膜結構的細胞器例如線粒體和葉綠體，但是有細胞壁，有的細菌還有鞭毛和莢膜，根據細胞壁的組成成分，細菌分為革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌。“革蘭氏”來源于丹麥細菌學家革蘭（Hans Christian Gram），他發明了革蘭氏染色。
有些細菌細胞壁外有多糖形成的莢膜，形成了一層遮蓋物或包膜。莢膜可以幫助細菌在干旱季節處于休眠狀態，并能儲存食物和處理廢物。鞭毛可以幫助細菌運動。
細菌的分類的變化根本上反應了發展史思想的變化，許多種類甚至經常改變或改名。隨著基因測序，基因組學，生物信息學和計算生物學的發展，細菌學被放到了一個合適的位置。最初除了藍細菌外（它完全沒有被歸為細菌，而是歸為藍綠藻），其他細菌被認為是一類真菌。隨著它們的特殊的原核細胞結構被發現，這明顯不同于其他生物（它們都是真核生物），導致細菌歸為一個單獨的種類，在不同時期被稱為原核生物，細菌，原核生物界。一般認為真核生物來源于原核生物。
通過研究rRNA序列，美國微生物學家伍茲（Carl Woese）于1976年提出，原核生物包含兩個大的類群。他將其稱為真細菌（Eubacteria）和古細菌（Archaebacteria），后來被改名為細菌（Bacteria）和古菌（Archaea）。伍茲指出，這兩類細菌與真核細胞是由一個原始的生物分別起源的不同的種類。研究者已經拋棄了這個模型，但是三域系統獲得了普遍的認同。這樣，細菌就可以被分為幾個界，而在其他體系中被認為是一個界。它們通常被認為是一個單源的群體，但是這種方法仍有爭議。
古細菌
古細菌（archaeobacteria）（又可叫做古生菌或者古菌）是一類很特殊的細菌，多生活在極端的生態環境中。具有原核生物的某些特征，如無核膜及內膜系統；也有真核生物的特征，如以甲硫氨酸起始蛋白質的合成、核糖體對氯霉素不敏感、RNA聚合酶和真核細胞的相似、DNA具有內含子并結合組蛋白；此外還具有既不同于原核細胞也不同于真核細胞的特征，如：細胞膜中的脂類是不可皂化的；細胞壁不含肽聚糖，有的以蛋白質為主，有的含雜多糖，有的類似于肽聚糖，但都不含胞壁酸、D型氨基酸和二氨基庚二酸。
物理因素
①溫度。細菌對低溫的耐受性較強，大多數細菌在液態空氣（-190℃）或液態氧（-252℃）下可保存多年。高溫對細菌有明顯的殺傷作用，大多數無芽孢菌在100℃煮沸時立即死亡，而有芽孢的細菌對高熱有抗力，如炭疽芽孢可耐受煮沸5-15分鐘，濕熱滅菌比干熱效果強，因為濕熱滅菌滲透性大。
②干燥。大多數細菌的繁殖體在干燥空氣中很快死亡，有些菌如結核桿菌對干燥耐力強，在干痰中保存數月后仍有傳染性，干燥不能作為有效的滅菌手段，只能用于保存食物，但細菌在濕度<15%、真菌在濕度<5%時，均不利其生長，因此干燥的食物可保持相當一段時間而不壞。
③射線。紫外線對細菌的作用包括誘發突變及致死，紫外線的波長260nm時作用最強。主要作用于細菌的DNA，但紫外線的穿透力很弱，一薄層蓋玻片就能吸收大部分紫外線，紫外線適量照射可以殺死細菌，但在照射后3小時再用可見光照射,則部分細菌又能恢復其活力，這種現象稱為光復活作用。可見光殺菌作用雖不大，但在通過某些染料時，染料放出的熒光具有與紫外線同樣的作用，可殺死細菌，稱為光感作用。其原理尚不太清楚。
④電離射線。放射性核素可以放出α、β、γ三種射線。β射線穿透力強，在幾秒鐘內就能滅菌；γ射線穿透力比α、β射線都強，但對細菌作用弱，消毒需要的時間長；α射線穿透力弱，有殺菌和抑菌作用。電離射線損傷細胞的DNA，使細胞死亡，電離輻射通過介質時還可引起猛烈沖擊。其他影響表面張力的溶液如有機酸、醇、肥皂等也可使一些細菌不生長或溶解。
根據類別分類
域：原核生物域Bacteria
界：細菌界
門：
產水菌門Aquificae
熱袍菌門Therm
熱脫硫桿菌門Thermodesulfobacteria
異常球菌-棲熱菌門Deinococcus-Tmus
產金菌門Chrysiogenetes
綠彎菌門Chloroflexi
熱微菌門Thermomicrobia
硝化螺旋菌門Nitrospirae
脫鐵桿菌門Deferribacteres
藍藻門Cyanobacteria
綠菌門Chlorobi
變形菌門Proteobacteria
厚壁菌門Firmicutes
放線菌門Actinobacteria
浮霉菌門Planctomycetes
衣原體門Chlamydiae
螺旋體門Spirochaetes
纖維桿菌門Fibrobacteres
酸桿菌門Acidobacteria
擬桿菌門Bacteroidetes
黃桿菌門Flteria
鞘脂桿菌門Sphingobacteria
梭桿菌門Fusobacria
疣微菌門Verrucomicrob
網團菌門Dictyoglomi
芽單胞菌門Gemm
