2010全國質譜大會大會報告（三）
復旦大學 楊芃原教授
來自復旦大學的楊芃原教授做了題為“糖蛋白結構的高通量質譜分析”的報告。楊教授介紹，由于理論的數據庫大小是天文數字，使糖蛋白的結構分析成為目前糖蛋白分析瓶頸。楊教授在報告中介紹了用MALDI進行糖蛋白de-novo解譜，進而用ESI搜索糖蛋白數據庫的糖蛋白結構鑒定方法。重點介紹了數據庫是如何建立的。
楊教授課題組的解決思路是，增加如多級質譜等各譜圖階段的信息（但由于質譜的速度和檢出限，高通量使用尚有問題），減少檢索時所需的已知信息，創建高可信度的糖肽數據庫，并撰寫新的檢索軟件。具體方案為：1）建立完備、精簡的包含糖位點的肽庫及糖鏈庫，通過實驗獲得肽庫，根據文獻獲得糖鏈最大組成的糖鏈庫，窮舉它們的結構后，再人工排除不合理結構，獲得針對特定樣品的糖鏈庫。2）構建針對特定樣品的糖結構庫。3）篩選出譜圖中可能的糖碎裂峰。4）對碎裂峰進行匹配，獲得糖肽組成，使用上一步驟獲得峰連續碎裂網絡，對網絡中的多個路徑進行批量分析，再根據解的重復性判斷可靠性。楊教授還通過實例向大家講解了具體的糖蛋白結構確定過程。
中國科學院上海藥物研究所 上海中藥現代研究中心 果德安研究員
來自中國科學院上海藥物研究所、上海中藥現代研究中心的果德安研究員，做了題為“液質聯用技術在中藥分析中的應用”的報告。果老師近幾年主要從事中藥標準的制定和質量控制工作。傳統的中藥質控方法無法分析復雜系統，報告中，果老師從中藥質控的角度講述了液質聯用技術的應用。通過丹參、靈芝、黃芪、連翹的分析實例，證明液質聯用的方法比傳統的方法好得多，目前正在向全成份分析過渡。最后，果老師指出，質譜在中藥復雜體系中有廣闊的應用空間。
AB Sciex公司 劉麟先生
來自AB Sciex公司的劉麟先生，做了題為“生物質譜深入解析蛋白質——鑒定、確證與定量化分析的完整解決方案”的報告。報告中，劉先生重點介紹了AB SCIEX于今年5月在ASMS上推出的AB SCIEX TripleTOF? 5600系統，該系統第一次在一個平臺上，實現了同時具有三重四極桿的典型定量能力、高分辨和精確質量系統的定性能力。劉先生介紹，TripleTOF 5600系統為科學家們設計了新型、更好的方式來進行質譜實驗，該系統可應用在諸如新藥發現、生物標志物檢測、以及食品安全和環境分析等廣闊范圍的生命科學應用中。
AB SCIEX TripleTOF 5600系統具有一系列的新的創新技術，包括：1）智能高速（SmartSpeed?）的100 Hz采集速度——至少是其它高分辨質譜5倍以上的速度；2）加速器飛行時間分析器（Accelerator TOF? Analyzer）——在高速度和工業級的靈敏度下具有高分辨能力；3）簡便質量校準（EasyMass? Accuracy）——可獲得穩定的約1 ppm的質量準確度，卻不需要用戶持續的校準。4）相比于市場上現有的精確質量測定質譜，這些特性展示了顯著的技術進步，原先的系統在定性時需在速度和靈敏度之間取得平衡，在準確定量時又要在重現性和精密度之間取得平衡。
此外，劉先生還介紹了與TripleTOF 5600同時發布的一系列特色的應用軟件：用于在藥物研究中鑒定代謝物的代謝物導航（MetabolitePilot?）軟件、用于快速和簡便地處理和顯示大量的質譜數據的峰觀測（PeakView?）軟件、用于簡化小分子和大分子的定量流程的多組分定量（MultiQuant?）軟件、用于簡化蛋白質組學研究的蛋白導航（ProteinPilot?）軟件以及用于脂質組學研究的脂類觀測（LipidView?）軟件和用于代謝組學和生物標志物篩選分析的標志物觀測（MarkerView?）軟件。
美國華盛頓大學 Han, Xianlin（韓賢林）教授
來自美國華盛頓大學的Han, Xianlin（韓賢林）教授，做了題為“New Development of MALDI-MS on lipid analysis”（用MALDI-MS分析脂質的新發展）報告，在報告中他談到，MALDI-MS技術在蛋白質組學中廣泛應用，但在脂質組學應用中遇到很多挑戰，比如高的基質背景、嚴重的離子抑制、嚴重的源后解離、脂質點明顯的不均勻分布等。最近科學家們發展了一系列方法來克服這些缺點。比如新技術（薄層點MALDI-MS），新應用（直接成像組織中的脂質），新基質（如9-aminoacridine(9-AA)）。該報告綜述了這些進展，并重點介紹了應用9-AA于脂質組學分析的研究。研究發現，9-AA作為MALDI-MS分析基質很有優勢，可減少基質背景，減少源后解離，提高離子化效率（特別是負離子模式），提高一些族系脂質的靈敏度（如sulfatide）。課題組用該方法（9-AA為基質的MALDI-MS分析）分析了許多族系的脂質，并與“金標準”定量法的ESI-MS定量法做了比對。以下是英文摘要：
The power of matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS) in proteomics is well recognized. However, its application for lipidomic analysis has been hampered due to a number of caveats including high matrix background, severe ion suppression, serious post-source decay, and apparent inhomogeneous distribution of lipids at spots.
Recently, great efforts have been made to address these drawbacks. A number of developments in this area have been made, including new techniques (e.g. TLC-blot-MALDI-MS), new application (e.g. direct profiling and mapping of lipids from tissues), and new matrices (e.g.,9-aminoacridine(9-AA) ). These new developments are outlined in presentation.
The emphasis of this work is on the application of 9-AA on lipidomic analysis as we have recently conducted. We have found that 9-AA as matrix for MALDI-MS analysis of lipids offers a number of advantages over essentially all other matrix used in the literature, including minimal matrix background, reduced post-source decay, enhanced ionization efficiency (particularly in the negative-ion mode),and increased sensitivity for certain lipid classes (e.g.,sulfatide). We have also demonstrated that many classes of lipids can be directly analyzed from a lipid extract of a biological sample and the spectra acquired by MALDI-MS with 9-AA as matrix are comparable with those obtained from electrospray ionization MS which has recently been used as a “golden standard” for quantitative analysis of lipids. Collectively, the recent developments of MALDI-MS provide new sprints for lipidomic research.
