質譜圖的質譜中主要離子峰
從有機化合物的質譜圖中可以看到許多離子峰，這些峰的m/z和相對強度取決于分子結構，并與儀器類型，實驗條件有關。質譜中主要的離子峰有分子離子峰、碎片離子峰、同位素離子峰、重排離子峰及亞穩離子峰等。正是這些離子峰給出了豐富的質譜信息，為質譜分析法提供依據。
分子受電子束轟擊后失去一個電子而生成的離子M+稱為分子離子，例如：M+e¨→M+ + 2e¨，在質譜圖中由M+ 所形成的峰稱為分子離子峰。因此，分子離子峰的m/z值就是中性分子的相對分子質量Mr，而Mr是有機化合物的重要質譜數據。
同位素離子峰
在組成有機化合物的常見十幾種元素中，有幾種元素具有天然同位素,如C,H,N,O,S,Cl,Br等。所以，在質譜圖中除了最輕同位素組成的分子離子所形成的M+峰外，還會出現一個或多個重同位素組成的分子離子峰，如(M+1)+、(M+2)+、(M+3)+等，這種離子峰叫做同位素離子峰。
對應的m/z為M+1、M+2、M+3表示。人們通常把某元素的同位素占該元素的原子質量分數稱為同位素豐度。同位素峰的強度與同位素的豐度是相對應的，下表列出了有機化合物中元素的同位素豐度及峰類型。
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