如虎添翼——Proteome Discoverer? 軟件3.1版本重磅發布
軟件更新?
在正在舉行的ASMS 2023的會議上，賽默飛世爾公司重磅推出了革命性的Orbitrap Astral質譜儀。而作為一家剛柔并濟，均衡發展的公司，本次發布會中，除了在硬件領域有重大突破外，在軟件方面，我們也強勢推出了最新版的Proteome Discoverer (PD）3.1，CHIMERYS 2.0，以及Ardia驅動的Proteome Discoverer服務器平臺。
PD軟件作為一款針對蛋白質高通量定性、定量分析的軟件，自2008年發布以來，受到了廣大用戶的認可。PD3.1主要對原有的INFERYS和CHIMERYS進行了升級，并增加了全新的DIA數據檢索，Ardia則是一個嶄新的集數據存儲、處理、共享、管理的服務器平臺。下面就讓小編為大家一一揭開它們的神秘面紗吧。
01
INFERYS 3.0 Rescoring 節點
INFERYS Rescoring是在PD2.5版本中新增的節點，它可以讀取搜索引擎中的所有正庫和反庫的肽段信息，預測每個肽段序列的譜圖，比較理論和實際譜圖，并計算額外的feature特征再輸入到percolator節點中。在給定的FDR閾值下，包含該節點的工作流程會產生更多的肽段鑒定，并且可顯著提高置信度。而在PD 3.1版本中對INFERYS Rescoring節點進行了升級，新增對磷酸化肽段，中性離子丟失以及重標的SILAC以及PRM多肽的識別功能。
02
CHIMERYS 2.0
CHIMERYS是在PD 3.0中新增的節點，它是一種智能搜索算法，利用人工智能，通過深度學習，結合強大的去卷積算法，提供準確的肽段譜圖和保留時間預測，克服混合肽段MS2圖譜匹配的難題，大大增加了數據中的PSM數量，顯著提高了鑒定率。但在PD 3.0版本中，CHIMERYS會出現檢索時間較長的問題，且這個節點僅支持DDA數據的檢索，不能夠對翻譯后修飾進行鑒定。
而在PD 3.1版本中，CHIMERYS 2.0節點首先將FDR過濾的Percolator節點更換為Mokapot節點，這提升了5倍的數據處理速度。同時，CHIMERYS 2.0也提升了對DDA數據的檢索率。如圖3，在對100個或20個HELA細胞進行蛋白組鑒定時，CHIMERYS 2.0相較于之前的版本提升了12%的鑒定數。
同時，CHIMERYS在更新后，能夠對磷酸化修飾進行檢索。如圖4所示，使用CHIMERYS 2.0檢索磷酸化數據，較使用Sequest檢索引擎，鑒定位點數有28%的提升。
但CHIMERYS 2.0節點最重要的更新則是可以支持DIA數據的檢索。并且檢索流程比DDA數據檢索更簡單（圖5）。得到的結果與PD 3.0中查看方式也是相同的，如圖6。
03
Ardia驅動的Proteome Discoverer服務器平臺
隨著質譜的速度越來越快，通量越來越高，產生的數據體積也會越來越大，數量也隨之越來越多，所以多個PC間傳輸質譜數據和處理結果，以及原始數據和處理結果的存儲、備份、查找、檢索周期與數據共享，一直是很多實驗室的難題，尤其是對于一些數據和結果需要存儲多年的科研、服務機構。另外，隨著蛋白質組學研究的深入和擴大，數據量越來越大，對數據處理的時效性問題也變得尤為重要。為此，Ardia應運而生。作為建立在新技術的新平臺；Ardia將會不斷成長和進化；解鎖數據并加速對它的深入了解，以提升客戶的體驗。賽默飛在本月底將正式發布Ardia，敬請關注！
問渠那得清如許，為有源頭活水來。正是一次又一次的更新升級，使得Proteome Discoverer 軟件功能越來越強大。賽默飛始終致力以更加優異的表現服務于廣大用戶，為科學服務的腳步從未停歇！Proteome Discoverer 3.1軟件的推出，其新的特性尤其是CHIMERY 2.0 智能搜索算法的升級，不僅大大提升了鑒定效率，更使得PD軟件不僅僅局限于DDA的蛋白質組學數據，這使得PD軟件的功能更加完善。無論是DDA還是DIA均可以實現一站式數據檢索，再配合全新的Ardia服務器，我們相信全新的 Proteome Discoverer 3.1軟件會為大家帶來一個驚喜的體驗！
