Biognosys公司、Aebersold實驗室獲資助用于質譜新方法的商業化
Biognosys公司、Aebersold實驗室從瑞士技術創新委員會（CTI）獲得150萬美元，用于基于SWATH的質譜新方法的商業化
2012年1月13日，瑞士蛋白質組學公司Biognosys和瑞士蘇黎世聯邦工學院研究員Reudi Aebersold博士，從瑞士技術創新委員會（CTI）獲得了150萬瑞士法郎（157萬美元），該款項用于支持超級反應監測質譜（HRM-MS）技術的市場化。
去年6月（2011年6月10日報道），Aebersold博士在美國質譜年會上介紹了一種新技術，這是一種基于數據-非依賴（data-independent）采集技術（SWATH）的蛋白質組學新技術。據Biognosys公司的一份聲明稱，這種新技術“可以同時測定一個樣品中成千上萬的已知和未知的蛋白質，并在隨后提取蛋白質的全貌（profile）數據。”
Aebersold實驗室在AB SCIEX 的TripleTOF 5600質譜儀上開發了SWATH方法，正如他在ASMS會議上接受ProteoMonitor采訪時所說，TripleTOF 5600是市場上性能足以運行該技術的唯一的一款Q-TOF儀器。
“我們需要非常高的靈敏度、寬動態范圍、和快速掃描能力”，他說，“這些性能之間關系復雜，當你調整其中某項時會影響其它性能。現在，TripleTOF 5600提供了這些性能的最佳組合。”
同選擇反應監測質譜法（SRM-MS）一樣， SWATH也是在特定的母離子窗口下來檢測目標的碎片，期望該窗口中出現感興趣的肽；然后觀測碎片離子的水平，從而對感興趣的肽進行定性和定量。
差別是，據Aebersold所述，由于TripleTOF 5600質譜儀的速度特別快，SWATH可以選擇一個25 amu的寬母離子窗口，并把所有的母離子質量范圍劃分成分段的25 amu寬的窗口，就可以“采集液相流出的所有組分的碎片”。
然后，使用Aebersold和系統生物研究所的Rob Moritz領導開發的SRMAtlas軟件，研究者們可通過搜索，將質譜采集的碎片離子譜圖和SRMAtlas的參考譜庫進行比對，從而鑒定多肽。
采用獨特的搜索策略非常必要，Aebersold說，因為通過該技術產生的大碎片離子的譜圖，會“嗆（choke）”住一個典型的搜索引擎。
“因此我們使用SRM譜庫，在這些組分譜里選擇和發現特定的對目標肽響應的模式”，他說，“和用序列數據庫搜索不同，我們不試圖解釋每張譜；我們只是想發現那些模式，能告訴我們一個特定的肽是否出現，如果出現的話這個肽的含量是多少。”
去年7月（2011年7月22日PM報道），Aebersold說他初步使用該技術的研究顯示，SWATH法能在復雜樣本中鑒定超過4個數據量動態范圍的蛋白，其定量的性能與SRM-MS相當。
“在檢測靈敏度方面，SWATH技術可能比SRM低3-4倍，但它正在接近于SRM的性能，”他說。
2008年，Biognosys公司從瑞士聯邦工學院獨立。2011年11月它在首輪融資中獲得270萬瑞士法郎（300萬美元）（2011年11月4日報道）。其網站顯示的客戶包括諾華、輝瑞、Integrated Diagnostics和飛利浦。
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