Northern?blot?protocol
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1.Total?RNA?isolation: 測定OD260 ,OD280 及兩者比值,換算出RNA的濃度。并電泳鑒定。 2.Gel: 以80ml的1.5%甲醛瓊脂糖凝膠為例: agrose:1.2g dd?H2 O:57.6ml 10×RNB*(RNA?buffer):8ml(RNB具體配方見后,用*表示,下同) 甲醛溶液:14.4ml 3.?Electrophoresis: (1)加樣:(以取20μg?RNA為例)在0.5ml管中加20?μg?RNA+2-4倍RNA體積的SB溶液*?,votex,65℃熱變性10min,立即上冰5min,微離心一下,加相應的10×loading?buffer(大連寶生物公司taq酶系列會提供),混勻,準備上樣。 (2)預電泳:在正式上樣電泳前,在膠點樣孔中各加一點10×loading?buffer(加的孔數要超過正式電泳所用的點樣孔)先看點樣孔漏不漏,預電泳15-20min。此工作可在RNA變性時進行。這一方面可判斷膠漏不漏,另一方面可使膠活化。 (3)正式電泳:將(1)步的混勻樣全部加入點樣孔,50V電泳4-5小時(電泳時間長短還要依你膠的大小而定,一般要使loading?buffer跑到四分之三左右。 電泳最好在4℃冰箱里進行,并且要有循環器在電泳緩沖液兩邊進行交換,以防兩端緩沖液PH相差過大。電泳緩沖液用1×RNB。 4.轉膜: (1)在轉移槽內放好玻璃板,鋪好濾紙橋,緊貼玻板。 (2)倒入轉移液(20×SSC*),浸透濾紙橋,驅除氣泡,同時按膠大小剪好合適的膜(膜為Amersham公司的Hybond-N+膜)和兩張同樣大小的濾紙。 (3)將膠從加樣孔先接觸濾橋面,自一端將膠滑放至濾紙橋上,注意不留氣泡。 (4)將膜放在膠上,小心慢速,自一端起緊貼膠面,檢查及排除氣泡,用一干凈玻棒輕緩的在膜上滾幾下以排除氣泡。 (5)用保鮮膜在四周封邊,在尼龍膜上放上兩張濾紙片,再堆上5-8cm吸水紙堆,壓上重物,10-24hr。 (6)轉膜完畢,移去吸水紙,將膜取出,紫外交聯(245nm1.5J/cm2照射膜1min45s)并標好膜的正面及加樣順序,將膜在6×SSC或2×SSC溶液中浸泡一下,純水沖洗一下。 (7)用亞甲基藍溶液浸泡搖晃染色3-5min,純水搖床脫色,可見RNA電泳條帶,標好28S,18S。 5.探針的標記:(下列物質除α-32 P?dATP購自Amersham公司,其余來自于Promega公司的labeling?kit) (1)?取25-40ng的模板DNA(假設以1μL為例)于0.5ml管中,加11μL?dd?H2 O,100℃變性5-10min,立即上冰5min。 (2)?在冰上依次在管中加入:? ?????????????????????????????BSA:?1μL ?????????????????????????????dNTP(-dATP):1μL?? ?????????????????????????????labeling?5×buffer:?5μL ?????????????????????????????klenow酶:1μL(5U/μL) ?????????????????????????????α-32 P?dATP(最后加)?5μL ???????????????????????????????????(合計:25μL體系) 振蕩后放入鉛盒,37℃?1hr,加200μL?dd?H2 O終止反應。可4℃短暫保存。 6.探針的純化(sephades?G-50柱層析法): ???(1)1ml注射器底部用無菌玻璃棉填塞,加剪蓋的0.5ml管放入體積較大的離心管中,注射器中裝填用STE平衡的sephades?G-50凝膠。 ???(2)層析柱室溫離心,1000g×2min,再重復步驟(1)(2),使注射器裝滿sephades?G-50凝膠。 ???(3)將標記好的探針滴加在層析柱上,離心,1000g×4min,收集0.5ml管中液體,即為純化好的標記cDNA探針。
7.?雜交: ????(1)將膜反面緊貼雜交瓶,加入雜交液5ml左右,42℃預雜交?1-3hr。 ????(2)換新雜交液2ml(雜交液體積應根據雜交瓶大小而定,必須使瓶平放時,雜交液鋪滿底部)將變性的探針(95-100℃10min,上冰5min)加入雜交液中,合適溫度下雜交16hr左右。 8.?洗膜: 雜交完畢,傾去雜交液,用洗膜液*洗膜2-3次,一次1hr左右。 9.?壓片: ??????用滅菌清水漂洗,保鮮膜包好膜,避免氣泡,置于暗盒,固定好,壓上柯達X光片,-80℃放射自顯影。(具體時間依monitor檢測的強度而定)。 10.?沖洗照片,分析結果。 11.?煮膜:(用于洗去雜上的探針,以備后用) ???????在燒杯中加入煮膜液*,將膜放入其中,最好反面緊貼燒杯壁,燒杯放在電爐或煤氣爐上煮沸30-45min左右,清水漂洗后,用monitor檢測有無信號,若還有,繼續換煮膜液再煮一次,煮后最好壓一張新片,以判斷背景。? ? 附:常用配方: 雜交液???0.2M?PBS(PH7.2)→→?200ml?1M?PBS(PH7.2)? ??????????????1mM?EDTA(PH8.0)?→→?2ml?0.5M?EDTA(PH8.0) ??????????????1%?BSA?????????→→??10g?BSA(最后加,不可加熱和劇烈攪拌) ??????????????7%?SDS?????????→→??70g?固體SDS? ??????????????15%?formamide??→→??150ml?甲酰胺 ??????????????dd?H2 O?補至?1000ml ???(1M?PBS=57.7ml?1M?Na2 HPO4 +42.3ml?1M?NaH2 PO4 ) 無需高壓滅菌。(下同)但需裝于棕色瓶中。
洗膜液????????40mM?PBS(PH7.2)→→?40ml?1M?PBS(PH7.2) ??????????????????1mM?EDTA(PH8.0)?→→?2ml?0.5M?EDTA(PH8.0) ??????????????????1%?SDS?????????→→??10g?固體SDS ??????????????????dd?H2O?補至1000ml? ? 煮膜液?????????1mM?EDTA(PH8.0)?→→?2ml?0.5M?EDTA(PH8.0) ???????????????????????10mM?Tris???????→→??1.211g?Tris堿 ????????????????????????1%?SDS?????????→→??10g?固體SDS? ??dd?H2 O補至1000ml
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