Northern blot protocol
1.Total RNA isolation: 測定OD 260 ,OD 280 及兩者比值,換算出RNA的濃度。并電泳鑒定。 2.Gel: 以80ml的1.5%甲醛瓊脂糖凝膠為例: agrose:1.2g dd H 2 O:57.6ml 10×RNB*(RNA buffer):8ml(RNB具體配方見后,用*表示,下同) 甲醛溶液:14.4ml 3. Electrophoresis: (1)加樣:(以取20μg RNA為例)在0.5ml管中加20 μg RNA+2-4倍RNA體積的SB溶液* ,votex,65℃熱變性10min,立即上冰5min,微離心一下,加相應的10×loading buffer(大連寶 生物 公司taq酶系列會提供),混勻,準備上樣。 (2)預電泳:在正式上樣電泳前,在膠點樣孔中各加一點10×loading buffer(加的孔數要超過正式電泳所用的點樣孔)先看點樣孔漏不漏,預電泳15-20min。此工作可在RNA變性時進行。這一方面可判斷膠漏不漏,另一方面可使膠活化。 (3)正式電泳:將(1)步的混勻樣全部加入點樣孔,50V電泳4-5小時(電泳時間長短還要依你膠的大小而定,一般要使loading buffer跑到四分之三左右。 電泳最好在4℃冰箱里進行,并且要有循環器在電泳緩沖液兩邊進行交換,以防兩端緩沖液PH相差過大。電泳緩沖液用1×RNB。 4.轉膜: (1)在轉移槽內放好玻璃板,鋪好濾紙橋,緊貼玻板。 (2)倒入轉移液(20×SSC*),浸透濾紙橋,驅除氣泡,同時按膠大小剪好合適的膜(膜為Amersham公司的Hybond-N+膜)和兩張同樣大小的濾紙。 (3)將膠從加樣孔先接觸濾橋面,自一端將膠滑放至濾紙橋上,注意不留氣泡。 (4)將膜放在膠上,小心慢速,自一端起緊貼膠面,檢查及排除氣泡,用一干凈玻棒輕緩的在膜上滾幾下以排除氣泡。 (5)用保鮮膜在四周封邊,在尼龍膜上放上兩張濾紙片,再堆上5-8cm吸水紙堆,壓上重物,10-24hr。 (6)轉膜完畢,移去吸水紙,將膜取出,紫外交聯(245nm1.5J/cm2照射膜1min45s)并標好膜的正面及加樣順序,將膜在6×SSC或2×SSC溶液中浸泡一下,純水沖洗一下。 (7)用亞甲基藍溶液浸泡搖晃染色3-5min,純水搖床脫色,可見RNA電泳條帶,標好28S,18S。 5.探針的標記:(下列物質除α- 32 P dATP購自Amersham公司,其余來自于Promega公司的labeling kit) (1) 取25-40ng的模板DNA(假設以1μL為例)于0.5ml管中,加11μL dd H 2 O,100℃變性5-10min,立即上冰5min。 (2) 在冰上依次在管中加入: BSA: 1μL dNTP(-dATP):1μL labeling 5×buffer: 5μL klenow酶:1μL(5U/μL) α- 32 P dATP(最后加) 5μL (合計:25μL體系) 振蕩后放入鉛盒,37℃ 1hr,加200μL dd H 2 O終止反應。可4℃短暫保存。 6.探針的純化(sephades G-50柱層析法): (1)1ml注射器底部用無菌玻璃棉填塞,加剪蓋的0.5ml管放入體積較大的 離心管 中,注射器中裝填用STE平衡的sephades G-50凝膠。 (2)層析柱室溫離心,1000g×2min,再重復步驟(1)(2),使注射器裝滿sephades G-50凝膠。 (3)將標記好的探針滴加在層析柱上,離心,1000g×4min,收集0.5ml管中液體,即為純化好的標記cDNA探針。