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  • 實驗方法> RNA實驗技術> RNA原位雜交>Trizol改良方法總結

    Trizol改良方法總結

    關鍵詞: trizol 改良 方法 總結來源: 互聯網

    1. 何首烏 富含多糖多酚等次生代謝物

    ① 200mg新鮮葉組織置于預冷研缽中,+聚乙烯吡咯烷酮粉(PVP),液氮中研磨成粉

    ② 移入EP管中,+提取液(1ml Trizol +1%β-巰基乙醇+1% PVP),充分混勻,置于冰上

    ③ 每管+150μL無水乙醇+100μL 5mol/L的KAc(pH 4.8),混勻后緩緩+200μL氯仿/異戊醇(24:1),冰上靜置10min

    ④ 4℃、12000r/min離心20min,上層水相,+等體積的Tris飽和酚/氯仿(25:24),輕搖5min

    ⑤ 4℃、12000r/min離心10min,上清轉到新EP管中,用氯仿/異戊醇(24:1)重復抽提至界面澄清

    ⑥ 上層液體+2/3體積的異丙醇+1/10體積的3mol/L NaAc(pH 5.2),-20℃沉淀3h

    ⑦ 4℃、12000r/min離心20min,沉淀經75%乙醇洗滌2次,晾干,20μL DEPC水溶解RNA

    ⑧ +180μL 0.3mol/L NaCl,混勻,RT離心20min,吸取上清,+2.5倍體積的無水乙醇和3mol/L NaAc(pH 5.2),-20℃放置30min

    ⑨ 4℃、12000r/min離心30min,沉淀經75%乙醇洗滌,晾干,50μL DEPC水溶解RNA

    在研磨過程中加入PVP,其中的CO-N=基有很強的結合多酚的能力,從源頭上減少了酚類被氧化的機會。同時向抽提液中加入還原劑β-巰基乙醇,后者能打斷多酚氧化酶中的二硫鍵,使多酚不易被氧化,隨后經抽提而去除。

    借助鹽濃度來去除多糖的影響。首先在有裂解液和氯仿存在的條件下,RNase活性受到抑制,用低濃度的無水乙醇和Kac共同勻漿上清液中的多糖,通過離心 除去;并在沉淀RNA時兩次加入高濃度的NaAc,多糖在此溶液中會發生溶解,最后在低濃度NaCl中多糖會析出,從而有效去除了絕大部分的多糖。

    2. 香蕉葉片 富含多酚類物質、單寧、萜烯、色素、蛋白質、多糖等

    ① 100mg香蕉幼葉置于預冷研缽中,+10mgPVPP,液氮中研磨成粉,移入EP管中,+提取液(1ml Trizol +10μL 1%β-巰基乙醇),充分混勻,RT靜置10min

    ② 4℃、12000r/min離心5 min,棄沉淀,200μL 5mol/L NaCl/1ml Trizol,混勻,+200μL氯仿/1ml Trizol,震蕩混勻,RT靜置15min

    ③ 4℃、12000r/min離心15min,取上層水相,+等體積的氯仿抽提

    ④ 4℃、12000r/min離心15min,取上層水相,+等體積的酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),混勻,RT靜置5min

    ⑤ 4℃、12000r/min離心15min,取上清,+0.5ml異丙醇/1ml Trizol,混勻,RT靜置5-10min

    ⑥ 4℃、12000r/min離心10min,棄上清,+1ml 75%乙醇/1ml Trizol,溫和震蕩離心管,懸浮沉淀

    ⑦ 4℃、8 000r/min離心5 min,棄上清,RT晾干,50μL DEPC水溶解RNA

    ⑧ 沉淀經75%乙醇洗滌2次,晾干,20μL DEPC水溶解RNA

    ⑨ +180μL 0.3mol/L NaCl,混勻,RT離心20min,吸取上清,+2.5倍體積的無水乙醇和3mol/L NaAc(pH 5.2),-20℃放置30min,取出后4℃、12000r/min離心30min

    ⑩ 沉淀經75%乙醇洗滌,晾干,50μL DEPC水溶解RNA

    加入10%的PVPP與材料共研磨,并在Trizol提取液中加入1%β-巰基乙醇,可以完全排除酚類物質、色素等的干擾;并且增加了NaCl高鹽溶液沉淀和氯仿抽提,有效地去除了RNA中的多糖和蛋白質。

    3. 真菌(稻曲病菌) 富含RNase、多酚、多糖以及糖蛋白

    ① 2g香蕉幼葉置于預冷研缽中,液氮中研磨成粉,移入50ml離心管中,+20ml Trizol,用1ml移液器吹至液體澄清,且無細胞團塊, RT靜置10min

    ② +5mL氯仿/1ml Trizol,震蕩混勻15s,RT靜置3 min

    ③ 4℃、12000r/min離心15min,上層水相,+等體積的異丙醇,混勻,4℃靜置10min

    ④ 4℃、12000r/min離心10min,棄上清,沉淀經20ml 75%乙醇洗滌2次,晾干,500μL DEPC水溶解RNA

    改良:

    a. 加入氯仿前添加5M NaCl高鹽溶液4ml,搖勻

    b. 在沉淀RNA之前加入等體積的酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),混勻,RT 5min,4℃、12000r/min離心15min

    4. 麻風樹胚乳 富含油脂、蛋白和多酚、多糖等次生物質 兩次裂解法

    RNA提取液Ⅰ:100 mmol/L Tris-HCl,400 mmol/L NaCl,1.5%SDS,2%β-巰基乙醇,pH 7.5(β-巰基乙醇在操作前現加入RNA提取液Ⅰ中至終濃度為2%)

    RNA提取液Ⅱ:4 mmol/L 異硫氰酸胍,25 mmol/L檸檬酸鈉溶液,0.5%(m/V)十二烷基肌氨酸

    ① 1-2顆(去除子葉)胚乳,液氮研磨成粉,移入EP管中,每管約加100mg,+600μL RNA提取液Ⅰ,渦旋振蕩混勻,+200μL酸酚(pH 4.3)+200μL氯仿,震蕩至徹底混勻,冰上放置5min

    ② 4℃、12000r/min離心10min,上清+500μL RNA提取液Ⅱ,震蕩混勻,冰上放置5min

    ③ 4℃、12000r/min離心5 min,上清+1/2體積5mol/L NaCl,搖晃,+1/2體積氯仿,震蕩混勻

    ④ 4℃、12000r/min離心10min,上清+等體積的異丙醇,溫和混勻,RT放置10min

    ⑤ 4℃、12000r/min離心10min,棄上清

    ⑥ 沉淀+1ml 70%乙醇,4℃、12000r/min離心1min,棄上清,晾干,30-50μL DEPC水溶解RNA

    加入SDS以提高裂解效率,β-巰基乙醇濃度提高到2%希望能有效抑制內源RNA酶活性,確保RNA不被降解

    裂解提取液Ⅰ中,SDS通過使蛋白質變性破壞植物細胞膜結構,并能解開與核酸相連接的蛋白質,從而使核酸游離在裂解體系中;

    此外,NaCl的加入增加了溶 液的滲透壓,對RNA分子起到了很好的滲透保護作用,避免劇烈震蕩對其的破壞;

    β-巰基乙醇則起到了抑制RNA酶活性和酚類物質氧化的雙重作用,為確保得 到高質量的RNA,我們將其濃度提高到2%。

    而基于異硫氰酸胍法的提取液Ⅱ在提取液Ⅰ的基礎上進一步強烈抑制RNase的活性,確保RNA不被降解,并有 效地解離核蛋白與核酸的復合物。

    等體積的酸酚和氯仿

    氯仿有效地溶解了材 料中質量較輕的油脂,使其分布于下層有機相中,便于之后吸取上清;酸酚的加入則提高了去除蛋白質的效率,減少了氯仿抽提次數,只需一次氯仿抽提,就能使有機相和水相的界面清亮,徹底去除蛋白,節省了試驗時間,且降低了RNA的降解和損耗。另外,利用酸性酚還可以部分去除DNA,DNA殘留低有利于得到純度 更高的RNA樣品。

    保留了利用高濃度的NaCl去除樣品中多糖的方法。

    5. 柰樹 富含多酚類物質、單寧、萜烯、色素、蛋白質、多糖等

    改良Trizol法1

    ① 1.0g嫩芽置于預冷研缽中,液氮中研磨成細粉末,+10% PVPP(0.1g),繼續研磨成粉末

    ② 移入大研缽中,預先裝有 8ml Trizol提取液+ 80μL 1%β-巰基乙醇,研磨成勻漿,+無水乙醇至終濃度為20%,繼續研磨混勻

    ③ 取1ml轉入EP管中,+200μL氯仿,震蕩混勻,RT靜置5min

    ④ 4℃、12000r/min離心15min,取上清約600μL,+500μL冰冷的異丙醇,混勻,RT靜置10min

    ⑤ 4℃、12000r/min離心10min,+70%乙醇洗兩次

    ⑥ 4℃、12000r/min離心5 min,棄上清,RT晾干,30μL DEPC水溶解RNA

    改良Trizol法2

    ① 改良Trizol法1中第一次用氯仿抽提的上清中,再加入等體積的氯仿抽提

    ② 4℃、12000r/min離心15min,取上清,+10mol/L LiCl至終濃度為3 mol/L,混勻,4℃過夜沉淀

    ③ 4℃、12000r/min離心15min,棄上清,+適量的RNase-free ddH2O溶解RNA沉淀

    ④ +適量3mol/L NaAc(pH 5.2),混勻,+適量冰冷的無水乙醇,混勻,冰浴30min以上

    ⑤ 4℃、12000r/min離心15min,取上清,+1/10體積的3mol/L NaAc(pH 5.2),混勻,+3倍體積無水乙醇,混勻,-70℃過夜沉淀

    ⑥ 4℃、12000r/min離心20min,棄上清,+70%乙醇洗兩次

    ⑦ 4℃、12000r/min離心5 min,棄上清,RT晾干,30μL DEPC水溶解RNA

    改良Trizol法1的RNA樣品呈乳白色、粘稠狀;改良 Trizol法2的RNA樣品呈乳白色、半透明,說明在研磨材料時,加入10%PVPP與材料共研磨,并在Trizol提取液中加入β-巰基乙醇,可以完 全排除酚類物質、色素等的干擾;但是改良Trizol法1的RNA樣品呈粘稠狀,這可能是存在多糖的干擾所致。

    在研磨過程中加入PVPP,并在提取液中加入1%β-巰基乙醇,因為螯合劑PPVP分子中的CO-N=基能與多酚類物質(如原花色素類物質)芳香環上的羥 基結合形成穩定的復合物,使多酚類不能成為PPO的底物而被氧化,并且在以后的抽提步驟中被除去。

    同時β-巰基乙醇分子中的巰基能打斷PPO的二硫鍵使之 失活,從而防止了多酚類物質的氧化。因此,所提的RNA樣品呈乳白色或白色,說明RNA樣品中多酚類物質得到了有效的去除。

    改良Trizol法2采用在勻漿液中加入終濃度為20%的乙醇沉淀多糖、在裂解液抽提的上相中加入終濃度為3mol/L LiCl沉淀RNA、在RNA的粗提液中加入適量的3mol/L NaAc(pH 5.2)和低濃度的無水乙醇沉淀多糖等方法相結合,可以有效地去除多糖的干擾,獲得純凈、完整的RNA樣品。

    但在去除多糖的同時RNA也被裹攜走,造成 RNA產量的減少。

    改良Trizol法1單獨采用在勻漿液中加入終濃度為20%的乙醇沉淀多糖的方法,不能將樣品中的多糖去除干凈,含有多糖的RNA沉淀難溶于水或溶解后產生粘稠狀的溶液。

    (責任編輯:大漢昆侖王)
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