揭示“LiCl 沉淀”背后的故事

不少的文獻都說，用LiCl 沉淀RNA有很多好處，比如只沉淀RNA，不會沉淀DNA、蛋白和多糖等。但就是操作比較麻煩，比如，過夜沉淀，不能沉淀小分子RNA等。下面就LiCl 沉淀方法的誤區進行探討。 誤區一：LiCl 不能沉淀小分子RNA。很多文獻都說LiCl 沉淀的RNA不含小分子的5s rRNA和tRNA。但，事實是這樣嗎？至少在我的實驗中發現LiCl 可以沉淀小分子RNA。下面的圖片更能說明LiCl 可以沉淀小分子RNA。泳道1是RNA maker，泳道2、3、4是用LiCl 沉淀的RNA。當然LiCl 沉淀tRNA的效果真的不好，其原因可能是tRNA的高度二級結構。

誤區二：LiCl 沉淀需要長時間和低溫。不少文獻上說LiCl 沉淀需要4度、－20度、甚至－80度下放置1小時、2小時、甚至過夜，其操作極其繁雜。但是，LiCl 沉淀真的需要長時間和低溫嗎？讓我們來看看下面的數據：

Lane 1, RNA marker. Lane 2, RNA centrifutged immediately without chilling. Lane 3, RNA chilled at -20°C for 30 minutes before centrifugation. Lane 4, RNA incubated at 25°C for 30 minutes to test precipitation time independently of chilling. Lane 5, RNA chilled at -20°C for 1 hour.

Lane 6, RNA incubated at 25°C for 1 hour.

圖片顯示放置30min后，RNA沉淀比不放置更有效（請比較泳道2和3），但是比較泳道3、4、5、6后，你會發現在－20度下沉淀與在25度下沉淀沒有區別，放置30min與放置1小時沉淀沒有區別。

但是建議大家用 -20°C ＋ 30 minutes 的沉淀方法，因為低溫能降低RNases的活性（假設有痕量的RNase殘留） 小提示：任何事務有利便有弊，LiCl 沉淀與乙醇沉淀相比，它的沉淀效率稍低。數據顯示2.5M的LiCl 的平均沉淀率是74％，而乙醇則是85％。通俗的說乙醇沉淀可以得到更多的RNA。