AproPhos: 基于AdaBoost 方法的蛋白質磷酸化修飾

摘要: 磷酸化是最重要的蛋白質翻譯后修飾之一, 隨著蛋白質磷酸化修飾數據不斷積累, 利用已有數據進行蛋白質磷酸化修飾位點預測的條件日益成熟。利用修飾位點附近氨基酸性質取代氨基酸種類作為特征, 對現有516種氨基酸性質做了詳細分析和篩選, 提出了采用AdaBoost 方法進行特征選擇和分類器訓練的磷酸化修飾位點預測系統AproPhos, 該系統在特異性高于已有預測系統( 約2%) 的基礎上, 大大提高了預測的靈敏度( 約10%) , 使磷酸化位點預測方法用于提高磷酸化蛋白質質譜鑒定效率成為可能, 并有發現磷酸化修飾位點氨基酸性質分布的潛力。