iTRAQ蛋白組學技術應用

　　iTRAQ（isobaric tags for relative and absolute quantitation）技術是由AB SCIEX公司研發的一種體外同重同位素標記的相對與絕對定量技術，利用多種同位素試劑標記蛋白多肽N末端或賴氨酸側鏈基團，經高精度質譜儀串聯分析，可同時比較多達8種樣品之間的蛋白表達量，是近年來定量蛋白質組學中應用最廣泛的高通量篩選技術。

iTRAQ試劑分為報告基團、平衡基團、氨基酸反應基團，報告基團共有8種（113、114、115、116、117、118、119、121Da），與平衡基團質量相加正好是305Da。氨基酸反應基團與肽鏈N端賴氨酸側鏈共價鏈接，從而將報告基團和平衡基團標記到肽段上。在一級質譜中，不同來源的相同肽段被連接上總質量相同的iTRAQ標簽試劑，具有相同的質荷比，表現為一個峰。在二級質譜中，iTRAQ標簽試劑在不同基團連接處發生斷裂，表現出不同質荷比的峰（平衡基團發生中性丟失）。根據波峰高度和面積，可以得到同一蛋白在不同樣本中或在不同處理條件下的表達差異。

 

靈敏度高：可檢測出較低豐度蛋白，胞漿蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等； 

分離能力強：可分離出酸/堿性蛋白，小于 10K 或大于200K的蛋白、難溶性蛋白； 

高通量：可同時對8個樣本進行分析，特別適用于采用多種處理方式或來自多個處理時間的樣本的差異蛋白分析； 

結果可靠準確：定性與定量同步進行，同時得出鑒定和定量結果，重復樣品間的蛋白表達量相關性可達到 0.95 以上； 

自動化程度高：液質連用，自動化操作，分析速度快，分離效果好。 

 

除了涉及iTRAQ蛋白質組學實驗樣品、實驗流程、質譜下機原始數據等，質譜數據分析也顯得尤為重要，試想拿到數據卻無法分析，無法得知實驗最終結果是否與預期相符，可謂是萬里長征只差一步。大數據時代的到來引起了高校對大數據分析關注，很多都陸續添加了生物信息學、生物統計學等課程，如果此刻的您也很感興趣，不妨多深究下。

iTRAQ鑒定：包括鑒定結果統計、重復性分析、Unique肽段數分布、肽段長度分布、蛋白覆蓋度分布；

iTRAQ定量：包括定量信息統計、蛋白質豐度比（FC）分布、表達量層次聚類分析；

蛋白質功能注釋：包括GO注釋、COG注釋和Pathway代謝通路注釋；

差異蛋白的富集分析：包括差異蛋白的GO富集分析、差異蛋白的Pathway富集分析。

        如果要做iTRAQ蛋白質組服務，需要注意什么呢？樣本，外包公司銷售會和您溝通的，不同樣本由于高豐度/低豐度蛋白含量不同也會有差異的，還不如先讓對方技術評估下實驗方案。可能要強調一點，最后質譜下機原始數據需要結合數據庫檢索，所以要求物種具有蛋白質參考數據庫、EST 序列（轉錄組）或基因組注釋信息等，不清楚的，可以請外包公司幫您查下。

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下期接著回歸到非編碼RNA上，也是小編對非編碼RNA很感興趣，就是這么任性！換個方向，也換個視野，知識都需要消化吸收，才能更好地加以利用。一本正經地說，噗嗤……