捕獲階段：目標是澄清、濃縮和穩定目標蛋白。
中度純化階段：目標是除去大多數大量雜質，如其它蛋白、核酸、內毒素和病毒等。
精制階段：除去殘余的痕量雜質和必須去除的雜質。
分離方法的選擇
根據蛋白質的特殊性質采用不同的分離方法：
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蛋白質的性質 |
方法 |
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電荷（等電點） |
離子交換（IEX） |
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分子量 |
凝膠過濾（GF） |
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疏水性 |
疏水（HIC）反相（RPC） |
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特異性結合 |
親和（AC） |
每一種方法都有分辨率、處理量、速度和回收率之間的平衡。
分辨率：由選擇的方法和層析介質生成窄峰的能力來實現。總的來說，當雜質和目標蛋白性質相似時，在純化的最后階段分辨率是重要因素。
處理量：一般指在純化過程中目標蛋白的上樣量。如上樣體積、濃度等。
速度：在初純化中是重要因素，此時雜質如蛋白酶必須盡快除去。
回收率：隨著純化的進行漸趨重要，因為純化產物的價值在增加。
在三階段純化策略中每一種方法的適用性見下表：
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技術 |
主要特點 |
捕獲 |
中度純化 |
精制 |
樣品起始狀態 |
樣品最終狀態 |
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IEX |
高分辨率
高容量
高速度 |
★★★ |
★★★ |
★★★ |
低離子強度
樣品體積不限 |
高離子強度或pH改變。
樣品濃縮 |
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HIC |
分辨率好
容量好
高速度 |
★★ |
★★★ |
★ |
高離子強度
樣品體積不限 |
低離子強度
樣品濃縮 |
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AC |
高分辨率
高容量
高速度 |
★★★ |
★★★ |
★★ |
結合條件特殊
樣品體積不限 |
洗脫條件特殊
樣品濃縮 |
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GF |
高分辨率
（使用Supedex） |
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★ |
★★★ |
樣品體積（<總柱體積的5%）和流速范圍有限制 |
緩沖液更換（如果需要）
樣品稀釋 |
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RPC |
高分辨率 |
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★ |
★★★ |
需要有機溶劑 |
在有機溶劑中，有損失生物活性的風險 |
提示：
1、 通過組和各種方法使純化步驟之間的樣品處理減至最少，以避免需要調節樣品。第一個步驟的產物的洗脫條件應適宜于下一個步驟的起始條件。
2、 硫酸銨沉淀是常用的樣品澄清和濃縮方法，所以HIC是捕獲階段的理想方法。
3、 GF很適宜在由濃縮效應的方法(IEX、 HIC、 AC)后使用，凝膠過濾對上樣體積有限制，但不受緩沖液條件的影響。
4、 在捕獲階段選擇對目標蛋白具有最高選擇性或/和處理量的方法
5、 如果對目標蛋白的性質了解甚少的情況下，可采用IEX-HIC-GF的方法組合作為標準方案。
6、 只要目標蛋白耐受的情況下，可以考慮采用RPC方法用于精制階段。
注：應該指出，三階段純化策略不是說所有的策略都必須是三個純化步驟。所用的步驟數目取決于純度要求和蛋白的最終用途。