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一分鐘帶你看懂16S/18S/ITS/宏基因組產品如何選擇
1. 擴增子產品
16S/18S/ITS/統稱為擴增子產品，是對特定目標區域進行擴增后再進行測序分析。這三種擴增子產品的區別在研究對象的不同，16S研究對象主要是細菌或者古菌，ITS研究對象主要是真菌，18S研究對象主要是真核類，如藻類。那么擴增子產品的選擇是不是一目了然呢，直接根據研究對象選取相應的產品就可以了。
擴增子產品在測序策略和分析內容上基本上是一致的，熟悉其中一個產品就等于掌握了3個產品的內容。接下來我們就以16S為例，與宏基因組產品的各項指標進行對比，看看你的研究內容更適合選擇哪個產品呢？
2. 宏基因組產品
宏基因組(Metagenome)也稱元基因組，是對微生物整個基因片段進行測序的研究方法。要覆蓋微生物整個基因片段，所以宏基因組比擴增子需要的數據量更多，有更完整的基因序列因此也可以進行基因功能注釋分析。
3. 擴增子VS宏基因組
關于宏基因組和16S產品的細節比對已經做好了歸納，主要包括測序區域、測序平臺，數據量、生物學重復要求、分析內容、優劣勢等方面：
16S擴增子能做的分析宏基因組都能做，宏基因組包含16S所有分析內容；
16S擴增子測序主要適用于屬水平以上的菌群結構分析，物種的組成，多樣性分析等；宏基因組可以進行種水平菌群結構分析，物種的組成，多樣性分析等；
16S擴增子不能進行功能注釋，無法通過通路圖看到基因調控的酶的變化，也無法對應哪個菌群產生的功能，而宏基因組可以進行關鍵基因及功能等分析；
16S擴增子測序成本較低，可以前期進行大樣本量的16S擴增子測序，篩選樣本進行宏基因組測序，兩者的結果也可以相互驗證相互補充。
往期精彩：
●微生物專題 | ?16S分析內容那么多，哪些是文章必須的內容？
●微生物專題 | 如何快速打開不講“人話”的16S測序分析報告?
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