氨基酸結構和分類（五）
凝血酶，水解Arg-Gly肽鍵。
羥胺可水解Asn-Gly，但Asn-Leu和?Asn-Ala也能部分裂解。
以上方法中，酶不能水解脯氨酸參與形成的肽鍵。
多肽部分水解后，降解成長短不一的小肽段，可用層析或電泳加以分離提純。經常用雙向層析或電泳分離，再用茚三酮顯色，所得的圖譜稱為肽指紋譜。
5.多肽鏈中氨基酸順序的測定
從多肽鏈中部分水解得到的肽段可用化學法或酶法測序，然后比較用不同方法獲得的兩套肽段的氨基酸順序，根據它們彼此重疊的部分，確定每個肽段的適當位置，拼湊出整個多肽鏈的氨基酸順序。
6.二硫鍵位置的確定
一般用蛋白酶水解帶有二硫鍵的蛋白質，從部分水解產物中分離出含二硫鍵的肽段，再拆開二硫鍵，將兩個肽段分別測序，再與整個多肽鏈比較，即可確定二硫鍵的位置。常用胃蛋白酶，因其專一性低，生成的肽段小，容易分離和鑒定，而且可在酸性條件下作用（pH2），此時二硫鍵穩定。肽段的分離可用對角線電泳，將混合物點到濾紙的中央，在pH6.5進行第一次電泳，然后用過甲酸蒸汽斷裂二硫鍵，使含二硫鍵的肽段變成一對含半胱氨磺酸的肽段。將濾紙旋轉90度后在相同條件下進行第二次電泳，多數肽段遷移率不變，處于對角線上，而含半胱氨磺酸的肽段因負電荷增加而偏離對角線。用茚三酮顯色，分離，測序，與多肽鏈比較，即可確定二硫鍵位置。
四、多肽合成
多肽的人工合成有兩種類型，一種是由不同氨基酸按照一定順序排列的控制合成，另一種是由一種或兩種氨基酸聚合或共聚合。控制合成的一個困難是進行接肽反應所需的試劑，能同時和其他官能團反應。因此在接肽以前必須首先將這些基團加以封閉或保護，肽鍵形成后再除去保護基。這樣每連接一個氨基酸殘基都要經過幾個步驟，要得到較長的肽鏈就必須每步都有較高的產率。如果每一步反應產率都是90%，那么30次反應后總產率只有4.24%。
保護基必須在接肽時起保護作用，在接肽后容易除去，又不引起肽鍵斷裂。最常用的氨基保護基Y是芐氧甲酰基，可用催化加氫或用金屬鈉在液氨中處理除去。其他還有三苯甲基、叔丁氧甲酰基等，可用稀鹽酸或乙酸在室溫下除去。
羧基保護基Z通常用烷基，如乙基，可在室溫下皂化除去。如用芐基，可用催化加氫除去。
肽鍵不能自發形成，常用縮合劑促進肽鍵形成。接肽用的縮合劑最有效的是N,N’-二環己基碳二亞胺(DC?
CI)。DCCI從兩個氨基酸分子中奪取一分子水，自身變為不溶的N,N’-二環己基脲，從反應液中沉淀出來，可過濾除去。接肽反應除用縮合劑以外，還可用分別活化參加形成肽鍵的羧基和氨基的方法。羧基活化可用疊氮化物法和活化酯法（對硝基苯酯）等；氨基活化一般不需特殊手段，通常在接肽時加入有機堿，如三乙胺，保證氨基在自由狀態即可。
近年來固相多肽合成迅速發展。在固相合成中，肽鏈的逐步延長是在不溶的聚苯乙烯樹脂小圓珠上進行的。合成多肽的羧基端先和氯甲基聚苯乙烯樹脂反應，形成芐酯。第二個氨基酸的氨基用叔丁氧甲酰基保護后，以DCCI為縮合劑，接在第一個氨基酸的氨基上。重復這個方法，可使肽鏈按一定順序延長。最后把樹脂懸浮在無水三氟乙酸中，通入干燥HBr，使多肽與樹脂分離，同時除去保護基。整個合成過程現在已經可以在自動化固相多肽合成儀上進行。平均合成每個肽鍵只需三小時。此法可用于醫藥工業。人工合成的催產素沒有混雜的加壓素，比提取的天然藥品好。已經成功合成含124個殘基的蛋白。?
第四節?蛋白質的高級結構
蛋白質的多肽鏈并不是線形伸展的，而是按一定方式折疊盤繞成特有的空間結構。蛋白質的三維構象，也稱空間結構或高級結構，是指蛋白質分子中原子和基團在三維空間上的排列、分布及肽鏈的走向。高級結構是蛋白質表現其生物功能或活性所必須的，包括二級、三級和四級結構。Primary?
structure,?secondary,?tertiary,?quaternary?structure
一、有關概念
1.?構型configration與構象conformation
構型指立體異構體中取代原子或基團在空間的取向，構型的改變必須通過共價鍵的斷裂。構象是指這些取代基團當單鍵旋轉時可能形成的不同的立體結構，構象的改變不涉及共價鍵的改變。
2.?二面角
因為肽鍵不能自由旋轉，所以肽鍵的四個原子和與之相連的兩個α碳原子共處一個平面，稱肽平面。肽平面內的C=O與N－H呈反式排列，各原子間的鍵長和鍵角都是固定的。肽鏈可看作由一系列剛性的肽平面通過α碳原子連接起來的長鏈，主鏈的構象就是由肽平面之間的角度決定的。主鏈上只有α碳原子連接的兩個鍵是單鍵，可自由旋轉。繞Cα－N1旋轉的角稱Φ，而繞Cα－C2旋轉的角稱Ψ。這兩個角稱為二面角。規定當旋轉鍵兩側的肽鏈成順式時為0度。取值范圍是正負180度，當二面角都是180度時肽鏈完全伸展。由于空間位阻，實際的取值范圍是很有限的。
