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    DNA拓撲學參數介紹

    2022.4.18

    1.連環數(Linking number):在雙螺旋DNA中,一條鏈以右手螺旋繞另一條鏈纏繞的次數,以L 表示(或以α表示),其計數方法為處于松弛環形DNA時的螺旋周數,肯定為整數,右手螺旋為正、左手螺旋為負。

    2.纏繞數(Twisting number):即DNA分子中的Watson-Crick螺旋周數,以T 表示(或以β表示),其數值可直接在處于最穩定狀態下的雙鏈環形(或超螺旋形式)DNA中的實際螺旋周數計數得到,不一定是整數,右手螺旋為正,左手螺旋為負。但必須注意T僅針對于形成雙螺旋區域而言,解鏈部分的bp數就不涉及T的計算。對于一定長度的DNA雙鏈,一旦出現解鏈T值就減少。如260bp B-DNA雙鏈自然狀態下T=25,解鏈20%時的T=20 。

    3.超螺旋數 或 紐數(Writhing number):其數值有公式L=T+W 計算得到,以W表示(或以τ表示),不一定為整數。左手超螺旋為正,右手超螺旋為負(此點解釋見后)。

    4.比連環差:為雙鏈DNA的超螺旋密度。用σ表示,由公式σ =( L - L0 )/L0 得到。

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