三羧酸循環的作用原理
兩個碳原子以CO2的形式離開循環。循環最后草酰乙酸會再次生成，再次從乙酰輔酶A中得到兩個碳原子。就是說，一分子六碳化合物（檸檬酸）經過多部反應分解成一分子四碳化合物（草酰乙酸）。草酰乙酸會在接下來的反應中遵循同樣的途徑獲得兩個碳原子，再次成為檸檬酸。
能量會在接下來的其中一步反應里以GTP的形式釋放（和ATP一樣，是細胞的能量貨幣）。但是循環中生成的氫載體（NADH + H and FADH2）將會在細胞呼吸鏈里釋放更多的能量 ，這也正是細胞呼吸的主要目的。檸檬酸循環的前提是，早先進行的糖酵解等過程能提供足夠的活化乙酸，以乙酰輔酶A的形式出現在循環。NADH?+ H 和?FADH2是輔酶，它們能攜帶質子和電子，并在需要的時候釋放它們。
循環中產生的總能量為一分子ATP（準確來說是：GTP），而細胞呼吸的全部四步反應（包括呼吸鏈中的內呼吸），一個葡萄糖分子則產生32分子的ATP。2002年之前一直認為是38ATP，當時認為一個FADH2可以產生2個ATP，一個NADH2可以產生3個ATP，這是理想化化學計算的結果。實測一個FADH2可以產生1.5個ATP，一個NADH2可以產生2.5個ATP。詳情請查閱電子傳遞鏈與氧化磷酸化。
如進行蘋果酸穿梭則不會減少能量，還是32ATP，在腦等部位會進行3磷酸甘油穿梭，減少2分子ATP，最終凈產生30ATP。所以說，在生物化學專業答題時需回答32或30。
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