RAPD利用 10 個堿基的一個或幾個隨機引物非定點地擴增 DNA 片段，一般一個引物可擴增 6-12 條 DNA 片段，利用凝膠電泳分開擴增的片段，從而進行基因多態性研究。 RAPD 是一種能快速進行基因多態性研究的技術，并且由于不涉及印跡雜交、放射性自顯影等技術，因此簡便易行。 SSR 真核生物的基因組中散布著大量的串聯重復序列，其中， 2-4 個 bp 的微衛星序列 (Microsatellite 或叫簡單序列重復 SSR:Simple Sequence Repeats) 具有高度多態性。　微衛星在結構上的最大特點是兩端序列較保守， SSR 引物根據與微衛星重復序兩端的特定短序列設計，用來擴增重復序列本身，從而揭示微衛星的多態性。 SSR 是檢測多態性的一種有效方法。 微衛星（ SSR ）是廣泛分布于真核生物基因組中的短串聯重復序列（ 1 － 7bp ）， SSR 實驗一般檢測到的是一個單一的多等位基因位點；是共顯性遺傳，可鑒別雜合子和純合子；結果重復性很高。通常使用聚丙烯酰胺凝膠電泳，分辨率高，可檢測出單拷貝差異。 SSR 廣泛應用于生物遺傳作圖、群體遺傳研究、個體間親緣關系鑒定等方面。 建立于DNA基礎之上的分子標記對于作物改良具有重要作用。 AFLP（Amplified fragment length polymorphism,簡稱AFLP）國內譯為擴增片段長度多態性，是一種DNA分子標記技術。利用這一方法，在不需要預先知道DNA序列信息的情況下就可以同時進行多數DNA酶切片的PCR擴增。目前，該技術不僅在小麥、玉米、棉花和大豆等主要農作物上得以應用，而且在蔬菜（番茄、馬鈴薯、鷹嘴豆等）以及植物基因組研究的模式植物擬南芥上廣泛應用。討論了AFLP在主要作物的品種鑒定、遺傳多樣性分析、遺傳作圖、基因定位以及輔助選擇等方面的應用進展。 RFLP、RAPD、AFLP、SSR等已經廣泛應用于DNA指紋分析、種質資源遺傳多樣性分析、基因定位、遺傳作圖、分子標記選擇育種等。用于作物育種的分子標記技術主要有RFLP、RAPD、SSR、 AFLP、STS等。它們主要用于構建分子標記遺傳圖譜、分子標記篩選育種親本、鑒定品種、標記目的性狀基因等方面 。