1.加入solution.III，經10分鐘離心后細菌沉淀怎么不結實，有的漂浮在液面，有的貼在離心管壁上，一搖晃即破碎脫落下來？

細菌的用量太少，導致產生的沉淀主要是鹽分的沉淀，因為缺少變性的細菌蛋白和細菌基因組DNA 的纏繞，沉淀就顯得不結實。

解決方法：將細菌的用量增加。

2.加入soln.III，經10分鐘離心后細菌沉淀怎么不結實，呈大塊的水泡狀，上清較少？

（1）使用了過多的細菌，導致菌體未被有效裂解。解決方法：將細菌用量減半。

（2）細菌懸浮不充分,存留小菌塊,導致菌體未被有效裂解。解決方法：注意將細菌懸浮充分。

（3）加Solution III后中和不充分。解決方法：如果細菌用量較多，請注意多翻轉幾次直至中和后的沉淀呈松散的豆腐花狀(也可以稍用力混合直至沉淀呈松散的豆腐花狀)。

（4）Solution II出現沉淀。解決方法：如果實驗室內溫度低于15℃，使用試劑盒前請注意觀察Solution II中是否出現沉淀。如果出現沉淀，請于37℃水浴溶解沉淀后再使用。

（5）Solution II 長時間暴露于空氣中被CO2中和，導致菌體未能被有效裂解。解決方法：可用經典堿裂解法抽提質粒DNA方法中的II液替代 Solution II使用。

3.出現嚴重的RNA污染？

（1）未在Solution I中事先加入RNase A1。解決方法：補加RNase A1。

（2）加入RNase A1的Solution I長期保存于室溫，導致RNase A1活性下降。

（3）細菌過量,RNase A1不能有效降解RNA。解決方法：將細菌用量減半或增加RNase A1在Solution I中的濃度。

4.抽提的質粒DNA電泳時怎么出現切口.斷裂或降解現象？

（1）使用的是收集后冷凍保藏的細菌。解決方法：使用新鮮培養的細菌。

（2）宿主菌富含核酸內切酶。解決方法：增加一步Rinse A洗滌步驟以徹底去除殘留的核酸內切酶。或者將質粒DNA進行乙醇沉淀。

（3）質粒DNA在Solution II中暴露過久，易造成質粒DNA的切口斷裂。裂解步驟控制在5分鐘內完成。

（4）培養的細菌被雜菌污染。解決方法：重新挑取單菌落培養細菌。

5.抽提的質粒DNA電泳時怎么出現基因組DNA的污染？

（1）菌體裂解和中和過程中,劇烈混合造成基因組DNA斷裂所致。解決方法：溫和地進行菌體的裂解和中和。

（2）加Solution II時操作時間過長，造成基因組DNA斷裂所致。解決方法：將裂解步驟控制在5分鐘內完成。

（3）細菌的質量差（反復凍融的細菌，陳舊的細菌，培養條件不合適的細菌等）中有許多斷裂或降解而游離的基因組DNA，使用生長良好的新鮮細菌。

6.加樣時DNA飄出加樣孔外？

忽略或省略了高速離心以甩干殘留的Rinse B的操作步驟。解決方法：按說明書的操作步驟操作以確保殘留的Rinse B被甩干。

7.為什么提出的質粒的多是二聚體和多聚體形式？

是在質粒復制過程中形成的，與宿主菌相關，電泳可檢測出。

8.質粒為何會丟失？

細菌培養不要超過16小時，否則細菌會崩潰，引起細菌大量死亡，導致質粒丟失。有些質粒本身不能在某些菌種中穩定存在，經多次轉接后有可能造成質粒丟失。因此不要頻繁轉接，每次接種時應接種單菌落。另外，檢查篩選用抗生素使用濃度是否正確。