1、存放：超級感受態細胞必須從干冰運送包裝箱取出直接放入–80℃冰箱的底部。一定不要用液氮來存感受態細胞。

1) 存放條件：超級感受態細胞對微小的溫度改變也極度敏感，因此必須存放在–80℃冰箱的底部。即使是將細胞從一個冰箱轉移到另一個冰箱也會導致轉化效率的損失。采用BD Falcon 的14ml聚丙烯圓底試管：在轉化實驗中使用圓底14-ml BD Falcon聚丙烯試管（貨號 #352059）也是關鍵之一。一般的試管容易被b-巰基乙醇降解。而極為重要的熱激步驟的操作也是根據這種型號的試管優化的。

2) 分裝細胞：分裝細胞時務必保持置于冰上。將聚丙烯管放置在冰上等待細胞融化，分裝的細胞裝入預冷的試管中。而且，每次轉化都用100 ml細胞也很重要，減少細胞體積必定減少轉化效率。

2、使用b-巰基乙醇(b-ME)：已經證明b-ME可以幫助提高轉化效率。Stratagene提供的b-ME已經過稀釋，可以直接使用。其它來源的b-ME使用時請參考相關文獻。

3、使用NZY+ 肉湯：Stratagene的超級、高級感受態細胞在熱激處理后用NZY+ 培養基菌落生長最好。用其它培養基替代往往會造成效率降低。

4、DNA的質量和用量：測定的最高轉化效率的數值來自1 ml的0.01 ng/ml超螺旋pUC18 DNA轉化100 ml 感受態細胞的實驗結果。轉化連接產物時，每100 ml細胞要求2 ml連接反應產物。通過使用50 ng DNA可以得到更多的克隆，但同時轉化效率(cfu/mg) 有所降低。DNA溶液的體積可以增至總轉化體系體積的10%，但是轉化效率也相應降低。熱激時間和溫度: 最優的轉化結果是采用42℃熱激30秒。熱激<30秒或>40秒均造成效率降低。溫度不可超過42℃。

5、藍-白斑篩選：特定重組質粒的藍白斑篩選要求宿主菌含有F’附加體上的lacIqZ*M15 基因，而質粒提供a-互補（例如Stratagene的pBluescript II系列載體等)。當IPTG誘導lacZ表達時，在含有發色底物X-gal的平板上，帶有插入片段的重組質粒的克隆為白色，帶有質粒卻沒有插入片段的克隆則為藍色。做藍白斑篩選時，將含有IPTG和X-gal LB瓊脂糖平板在37℃下培養17小時以上以便顯色。顯色后將平板置于4℃兩小時，藍色會加深。如果插入片段毒性較大，應采用沒有X-gal and IPTG的培養平板。藍白斑篩選雖然沒辦法做了，但是在沒有IPTG時，毒蛋白或許有一定的表達。