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HPLC 優點：高壓 速度快 分析精度高 所需樣本量少，主要用于分析 純化多肽類 缺點：柱子較貴 有些需要用乙氰甲醇等有毒有害試劑 不能或只能純化 很小量的蛋白 AKTA 系統 優點： 中低壓 容易放大 可大規模純化蛋白類 常規只用無機鹽類試劑 可配備各種介質純化不同蛋白 可自己灌膠 費用較少 缺點：分析精度沒有HPLC高 選用HPLC或AKTA的FPLC主要是依據你的用途而買，分析用HPLC ,大規模純化用FPLC FPLC供小量（小于explorer)制備用，最大流速只有20ml/min。 HPLC基本是用做分析用，也可用做微量制備。

AKTA和HPLC市場定位是不一樣的。從而在從硬件到軟件的功能側重點都各有所長。 樣品制備和工藝研究：AKTA 100ml 系列，常用于新藥研發機構 兼顧制備和要求不高的分析：AKTA 10ml 系列，常用于科研單位 要求較高的分析，可兼顧少量制備：HPLC 系列，常用于分析測試及科研單位

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