紫外吸收法測定蛋白質/DNA濃度的最大特點就是操作簡單、測量迅速，而且不需要引入試劑；但是它也面臨著很多問題，諸如測量準確性的問題。本節將討論影響測定的一些主要因素。

（1）蛋白質的不同對測定結果的影響。

由于蛋白質是生物大分子，而紫外吸收往往是其分子內的小基團所引起的，例如酪氨酸、苯丙氨酸，色氨酸和肽鍵等等。因此當蛋白質不同，其包含的上述小基團含量發生變化時，就會影響蛋白質含量的測定。然而蛋白質種類繁多，結構復雜，很難對其進行有效的歸類。例如人體內含蛋白質的種類約有10萬種，整個生物界的蛋白質種類估計有100億種。

建議：測量過程中如果條件允許，應盡量使用相近的蛋白質做標準曲線，修正測量參數，以便得到更為準確的數值。

（2）溶液中干擾物質的影響。

由于蛋白質所包括的具有紫外吸收的小基團為常見基團，其產生紫外吸收的特異性并不強，很多具有類似結構的有機溶劑都會有類似的紫外吸收，如醇、酮、醛、醚、有機酸、酰胺類，這些混入蛋白質溶液都會對測量產生干擾。另外，一些高濃度的無機化合物也會對蛋白質的含量測定產生干擾，例如NaOH、NaCI等等。

建議：測量時應盡量排除干擾物質，同時選擇合適的參比溶液。

（3）溶劑吸收的影響。

如果以一些在紫外區有吸收的物質做溶劑（例如醇、酮類），會對測量結果產生很大的影響。

建議：測量時盡量不要使用此類溶劑，或者在測量時選擇合適的參比。

（4）PH對測定的影響。

PH變化時對蛋白質含量測定的影響非常大，例如：下圖為Tyr的吸收譜線與PH的關系。由圖可以發現，PH=6和PH=13時，光吸收度已經有了非常大的差異。

lmax at pH 6: 274 nm

lmax at pH 13: 295 nm

建議：測定樣品時不要使溶液處于過酸或者過堿的狀態，同時樣品的PH值要與標準品的PH值盡量保持一致。

（5）環境極性、蛋白質構象、蛋白質折疊與變性都會對蛋白含量的測定產生影響。