大學科研產生于培養人才的需要，也產生于國家基礎研究的需要。中世紀晚期，大學組織得到了一些捐贈，逐漸有了固定的建筑。在捐贈的推動下，大學出現了學院運動。文藝復興和宗教改革運動以后，古典人文主義學科逐步在大學取得一席之地。隨著工業革命的發展，實科教育也開始沖擊著大學學科的發展。德國大學率先進行改革。1694年創辦的哈勒大學和1737年創辦的哥廷根大學成為創造性科學研究的最早基地，大學的科研功能也逐步得到發展。19世紀初，德國學者洪堡創立柏林大學，強調大學的研究功能。柏林大學的模式迅速成為19世紀各國大學效法的榜樣。柏林大學的創立，標志著大學的功能得到新的拓展。從此，科學研究逐步成為辦大學的直接目的之一。洪堡所說的科學即所謂的純科學，他指出：“高等學術機構倘要實現其目標，其全體成員(只要可能的話)就必須服膺于純科學的觀念。”
[1]純科學建立在深邃的觀念之上。純科學不追求任何自身之外的目標，只進行純知識、純學理的探求，不同于歷史和自然科學這些“經驗科學”，純科學能夠統領一切學科，是關于世上萬般現象知識的最終歸宿。
從發生學的角度講，大學的科研的應然狀態應該是：
第一，科研與教學相結合，科研服務于人才培養。洪堡明確提出了科研與教學相結合的辦學理念。為此，他提倡教師和學生都必須成為研究者，他開創的“習明納”(Seminar)教學方式為世界一流大學所推崇，至今仍是一咱先進的教學方式。歐內斯特?博耶曾領導美國卡耐基教學促進會近二十年(1979-1995)，他主張“教授的工作可以認為有4個不同而又相互重疊的功能。這就是：發現的學術水平;綜合的學術水平;運用的學術水平;教學的學術水平”。[2]科研的教學化(科研走進教學內容)和教學的科研化(教學本質是一種科研活動，按科研規律進行教學活動)是教學與科研相結合的更高形式。
第二，科研與興趣相結合，超越功利的學術環境。科研的最高境界和最佳狀態是研究者以“閑逸的好奇”精神追求知識，把追求知識當成目的，把科研當成尋求知識、驗證知識、實踐知識的、體驗知識的過程和目的，而不是生存手段。洪堡對此的結論是科研的基本的運行規則是自由與寧靜。洪堡希望國家、政府和社會要積極為大學創造自由寧靜的環境，希望“國家決不能要求大學直接地和完全地為國家服務;而應當堅信，只要大學達到了自己的最終目標，它也就實現了，而且是在更高的層次上實現了國家的目標。”[3]
同時，他也希望大學的學者把“身外的閑暇或內心的追求用于科學和研究。”[4]
第三，社會需要和團體實力相結合，堅守團隊的研究方向。大學的科研無疑要為社會服務，但大學也決不能完全以服務為導向，為了服務而科研。這樣只會本末倒置，扼殺科研的活力。弗萊克斯納：“大學不是風向標，不能什么流行就迎合什么。大學必須時常給社會一些它所需要的東西(what
the society needs)，而不是社會所想要的東西(what the society
wants)”。[5]這一方面要求大學的科研必須從團隊實力、團隊興趣出發，按既定的科研方向進行永無止境的探究;另一方面要求，大學必須注重把自己的知識、科研成果運用到實踐之中。在實踐之中，深化自己的科研成果、檢驗自己的科研成果。大學的科研必須有自己的核心，有自己的理念。
在實然上，大學的科研恰恰違背了大學科研的理想軌跡。
第一，科研與教學相脫離。大學教師基本上把科研當成自己的最為主要的目標，對教學工作則是以應付、推脫為主。這明顯在以下幾方面：首先，重視研究生培養，忽視本科生教育。其次，科研投入多，教學投入少。再次，科研成果不向教學過程轉化，沒有學生特別是本科生的參與。
第二，科研與興趣相脫離。現在大學教師做科研的最大目的是晉升高一級的職稱，取得科研上的話語權。推動教師從事科研工作的最大動機是學校的獎勵制度、晉升制度。因之，大學教師最為看重的也是國家的基金項目、規劃項目，學校也把此類項目的申報當成重中之重的科研任務。所以就形成一個怪圈：科研項目來了湊班子，科研項目結束散攤子。科研成為功利，成為手段。教師的興趣被忽視、扼殺，科研的質量無人關心。所以當中國的論文數、專利數列世界前位時，并沒有被世人所尊重，也沒有被人視為科研大國、創新大國。
第三，科研與企業相脫離。大學要成功離不開企業的支持與參與。大學的科研只有在企業中才能得到驗證，得到促進，得到升華。從事農業研究的不到農田，從事食品研究不到公司，從事工業項目開發的不到企業，是永遠不能使高校的科研工作得到社會承認的。筆者曾到河南某上市公司進行了一次調研，其董事長毫不諱言地說，“你們大學老師可能都沒有見過我這里的設備!”其說雖然有點過，但基本屬實。由此可見，大學遠離工業企業，會造成多大的損失。不僅是失去社會的尊重，也有損于大學根本目標——人才培養的質量。美國白宮委員會1986年向國會提交了一份題為《重建伙伴關系》的報告，報告指出，美國社會的興旺需要重建大學與工業界的相互關系。并提出：“我們將來在全球市場中的地位將取決于今天我們把握的機會和動員我們力量的意愿。”[6]英國在2003年發布了《大學與企業合作蘭伯特回顧》(Lambert
Review on University -Business
Collaboration,2003)的報告，同樣指出牛津和劍橋要想保持世界一流大學的地位，必須改變內部治理結構，促進大學與工業企業的合作。他山之石，但愿能引起我們的重視。
[1]
[德]威廉?馮?洪堡.論柏林高等學術機構的內部和外部組織[J].高等教育論壇.1987(1)：93.
[2]
[美]歐內斯特?博耶.學術水平反思——教授工作的重點領域[A].國家教育發展研究中心.發達國家教育改革的動向和趨勢[Z].北京:人民教育出版社，1994.23.
[3]
[德]威廉?馮?洪堡.論柏林高等學術機構的內部和外部組織[J].高等教育論壇.1987(1)：94.
[4]
[德]威廉?馮?洪堡.論柏林高等學術機構的內部和外部組織[J].高等教育論壇.1987(1)：93.
[5] [美]亞伯拉罕?弗萊克斯納著.徐輝譯.現代大學論[M].杭州：浙江教育出版社，2001.3.
[6] 鄧存瑞.美國高校與企業合作的形式及借鑒[J].生產力研究.1996(1)：70-73.
