來源：
生物技術世界 文/Gina Shaw 譯/楊勇飛
一些可能成為生物標記的
蛋白質存在于成分復雜的
細胞提取樣品中，Pierre Thibault博士希望能夠得到這類蛋白質的表面結構和特征的有關信息。然而，細胞提取樣品中的所有其它成分的存在不利于尋找這類蛋白質，而且，采用傳統的“蛋白質體學鳥槍法”來確定這類蛋白質特征經常會遺漏一些低水平表達的蛋白，現在，蒙特利爾大學免疫與
癌癥研究首席調查員兼蛋白質儀器主管的Thibault就主要致力于如何確定提取液中這類低豐度蛋白質的特征。
Thibault說：“用不同生物標記方法研究獲得的任一蛋白質提取物都含有各種不同類群的蛋白質，這種多樣性不僅來源于蛋白質提取液的不同，而且還源于動態分布和蛋白質豐度。所以，現在的問題是，你如何能夠知道這些結果中哪一個蛋白質具有統計學上的重要性？你應該把你的研究重點放在哪里？哪個蛋白質能夠真正代表樣品的不同？”
數據依賴性的MS/MS獲得法能夠解答這些問題，盡管這種方法只能鑒定樣品中存在的蛋白質的一小部分。通常，此法檢測出的蛋白都是含量極高的，但是含量高并不意味著重要，如可能忽略了關于疾病的生物標記。
Thibault說：“通常情況下，只有不到5%的樣品蛋白才是研究人員需要的，所以如果做一個全面檢測的話，你將會把95%的時間用來鑒定對你毫無價值的東西上。”他還說：“假想這里有一種確定表面結構的方法。通過結合2-D液體
色譜與
質譜技術，從樣品中區分大量的肽鏈峰值。我們不禁疑惑：我們是否能夠真正的識別那些豐度變化的肽鏈，并用它們代表原始蛋白。”
通過使用
安捷倫的HPLC 芯片/6210 TOF LC/MS系統, Thibault能夠解除這一疑惑。他的TOF表面形狀確定的方法識別豐度改變了的蛋白質，例如,在被促進
腫瘤誘發的試劑刺激下的單核細胞細胞中能識別豐度改變了的蛋白質。Thibault解釋說：“在大多數情況下，多數的蛋白質不會改變，但是我們能夠找到表達被上調或下調的蛋白。”
一旦Thibault團隊得到了一連串的有差別表達的蛋白質,這些蛋白質會被作為目標，用
離子阱質譜儀的MS/MS系統確認。“HPLC-芯片系統在我們的ESI-TOF MS系統和離子阱MS系統間可以完全地轉移,因此，我們能使用相同的方法和HPLC分離技術來進行表面形狀確定和識別，從本質上來說，這種方法與MS/MS系統相同。”Thibault還說：“它是讓我們挖掘復雜樣品并且得到可靠結果的一個可重復的、結果一致的平臺。它能讓你在通過其它實驗以后仍然沒有充分的數據證實的情況下，再一次檢測樣品，而這正是其優勢之一。”
當然，這一過程并非易事，它需要有著高敏感性和高特異性的精確校準軟件來進行有效的多肽鏈探查。這款軟件已經在Thibault的
實驗室里至少制作了3年。Thibault說：“這只是第一步，你還需要有個有效的動態排布來進行偵測，這樣你才會知道由于樣品復雜性或是樣品豐度而帶來的出錯率。
當這種能夠精確調節、指導表面形狀分析的方法在不同情況下，成為識別大量變化蛋白質的有成本效益方法的時候,Thibault仍然未完全滿意。“這種方法使我們在所有的分離中為獲得最高容納量和解決能力增添了壓力。我希望得到另一個不需要分餾處理的平臺。”
最后，他說,未來蛋白質生物標記的發現在于捕捉到來自樣品的更多信息的能力,而這需要另外的分離尺度。“這需要改善你的最高能力――結合不同分離尺度的能力，可以通過很多方式做到這一點，而且許多企業也正在對這一技術進行革新。”
（譯自《Bioscience Technology》）
