液質聯用技術中不同蛋白質鑒定策略的比較

摘要:在常用的多維液相色譜2質譜聯用技術中,采取延長梯度洗脫時間、進行重復實驗、采用質譜分段掃描等多種方法,提高對蛋白質的鑒定效率。為了系統評價這些方法在復雜生物樣本分析中的效果,應用酵母的蛋白提取物作為樣本,在LCQ 質譜儀上進行一系列的比較實驗。結果表明,在一定范圍內,隨著梯度時間的延長,被鑒定的非冗余肽段(unique peptide) 數量顯著增加,相對應的蛋白質簇(group protein) 數量也隨之增加。同樣,進行重復實驗和采用質譜分段掃描的方法均能提高蛋白鑒定的覆蓋率,而采用質譜分段掃描的策略具有更為顯著的效果,因此在規模化蛋白質組分析中,應當選擇更為合適的、互補的研究策略以提高結果的完整性。