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  • 結合蛋白質互作與基因表達譜信息大范圍預測蛋白質的精細功能

    上一篇 / 下一篇  2008-12-28 23:50:35/ 個人分類:蛋白質

    • 文件版本: V1.0
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    摘要 GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是結合基因表達相似性和基因功能分類體系Gene Ontology (GO)中的功能概念相似性測度進行功能預測的新方法. 將此預測算法推廣應用蛋白質互相作用數據, 并提出了幾種在蛋白質互作網絡中為功能待測蛋白質篩選鄰居的方法. 與已有的其它蛋白質功能預測方法不同, 新方法在學習過程中自動地從功能分類體系中的各個功能類中選擇最合適的盡可能具體細致的功能類, 利用注釋于其相近功能類中的互作鄰居蛋白質支持對此具體功能類的預測. 使用MIPS 提供的酵母蛋白質互作信息與一套基因表達譜數據, 利用特別針對GO 體系結構層次特點設計的3 種測度, 評價對GO 知識體系中的生物過程分支進行蛋白質功能預測的效果. 結果顯示, 利用文中的方法, 可以大范圍預測蛋白質的精細功能. 此外, 還利用此方法對2004 年底Gene Ontology 上未知功能的蛋白質進行預測, 其中部分預測結果在2006 年4 月發布的SGD 注釋數據中已經得到了證實.



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    TAG: gene基因表達譜蛋白質互作ontology相似性距離

     

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