蛋白質的分組重量編碼及在結構型預測的應用

摘要: 從氨基酸的物化特性出發, 利用物理學中“粗粒化”思想, 提出了一種蛋白質序列的分組重量編碼方法( Encoding Based onGrouped Weight, 簡記為EBGW) , 并結合組分耦聯算法進行結構型預測的研究。對標準集T359 中359 個蛋白質的Resubstitution檢驗和Jack- knife 檢驗預測準確性分別達到99.72%和91.09%, 其中Jack- knife 檢驗總體預測精度比相同條件下采用氨基酸組成編碼的方法提高了約7%, 特別是!+" 類的預測精度提高了15%。實驗結果表明蛋白質序列的EBGW編碼方法能夠有效地提取字母序列中蘊含的結構信息。