蛋白質表面模擬算法研究

摘要: 蛋白質表面在進行蛋白質相互作用及蛋白質對接等方面有著非常重要的作用。根據蛋白質三維結構數據的特點, 首先按照蛋白質的三維幾何特征設計了一種提取蛋白質表面原子的幾何算法PSAGA。在提取出的表面原子基礎上, 引用球函數具有的旋轉不變性的特點, 進行蛋白質表面形狀的模擬, 模擬出的蛋白質表面可以有效克服蛋白質在空間變換過程中需要不停進行重新計算表面問題, 從而有效地提高了計算效率。實驗結果驗證了所用方法的準確性。