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1 分子離子
分子經過電子轟擊，失去一個價電子形成帶正電荷的離子稱為分子離子或母離子，
質譜圖中相應的峰稱之為分子離子峰或母離子峰M+。分子離子峰一般位于質荷比最高的位置。約有75%的有機化合物產生的分子離子峰，判斷分子離子峰有如下原則：
（1）穩定性規律 可預見分子離子峰的強弱，需預先了解化合物結構。芳香（雜）環〉酯環〉硫醚、酮〉共軛烯烴〉直鏈烷烴〉酰胺〉酮〉醛〉胺〉酯〉醚〉羧酸〉腈〉伯醇〉叔醇〉縮醛
（2）氮規律 含奇數個氮原子的分子量必為單數，否則為偶數。
（3）質量差規律 判斷依據：最高質量峰與其他碎片離子質量差。如出現以下質量差，4到13，19到25（含氟化合物例外），37，38，50到53，65，66，則最高質量峰不是分子離子峰。另外如差為14的情況出現，應考慮是否有同系物出現。
（4）斷裂方式規律 穩定性差的分子有易丟失的特定的離子團，如醇類的CH3，H2O等。
（5）單質子增減規律 即M+1,M-1，醚、酯、胺、酰胺、腈、氨基酸酯、胺醇等的M+1峰較為顯著，醛、醇和含氮化合物M-1峰較為顯著。
適當情況下也可采用降低EI的EM電壓，采用CI或衍生化等方法獲得較好的分子離子峰。
2 同位素離子
自然界的同位素分布大都已經被明確測定，根據同位素分布特點計算分子式常被用在質譜解析中，典型的分子組成式如C?H?N?O?，拜隆（Beynon）表的有助于迅速確定分子式。如166.062994，其分子式僅有一種可能即C9H10O3。
3 碎片離子
質譜電離過程中，過剩的能量導致碎片離子的產生。由于鍵能大小、碎片穩定性（誘導效應、π電子系統、雜原子共軛）、空間等因素導致不同的碎片離子產生。離子開裂類型有單純開裂、重排、復雜開裂、雙重重排。碎片離子的形成受化學結構的支配，所以可以將碎片“拼湊”成分子。
4 亞穩離子
亞穩態離子的產生是有離子本身的壽命決定的，我們研究亞穩態離子的規律是有效的確定開裂途徑的方法。
5 多電荷離子
當丟失兩個或兩個以上電子就形成多電荷離子，芳香族化合物、有機金屬化合物或共軛體系化合物易產生多電荷離子。
6 離子-分子作用離子
分子離子與中性分子碰撞，并從分子離子獲得一個原子或基團，但豐度較低，常可以忽略。
有個人見解，僅供參考！
