1，首先，乙腈價格高
乙腈，特別是HPLC級的價格很高，但是，文獻或LC廠家所示的條件，多用乙腈，這是為什么呢?現就此談談。
2，吸光度，乙腈HPLC級的小。乙腈和甲醇的市銷HPLC級和優級的吸收光譜中，乙腈HPLC吸收最小(特別是在短波長上小)。所謂HPLC級是除去具有吸收UV的雜質，在規定的波長上吸光度限制在規格值以內。在UV檢測時，產生的噪聲小，因此在進行UV短波長上的高靈敏度分析時乙腈HPLC級最適宜。另外，在UV檢測中的梯度基線上也是乙腈HPLC級產生鬼峰少，雖然，其他與水相溶性高的有機溶劑有各種各樣，但很難能找到比乙腈HPLC級吸收更小的。另外，甲醇的HPLC級和優級，雖然所得的光譜相差不大，但是優級不能保證吸光度，有可能產生偏差，價格也相差不大，所以盡量使用HPLC級。
3，壓力,乙腈低.柱內承受的壓力,根據有機溶劑的種類或混合比率的不同而異,水/乙腈,水/甲醇混合液的比率與輸液壓力的關系中,甲醇與水混合,壓力增高,而乙腈同樣與水混合且并不如此.所以,乙腈一方,在同樣的流速下不在柱內加上多余的壓力.從上述兩項,可以確認使用乙腈的意義,那么,甲醇除了價格以外,還有沒有其化優點呢?
4,洗脫能力,一般而言,乙腈較強.乙腈和甲醇分別用同樣的比率與水混合時,一般情況下,乙腈的洗脫能力強.特別是混合比率低時,從咖啡因和苯酚的洗脫來看,獲得同樣的保留時間,乙腈的比率,只需甲醇的比率的一半以下即可.另一方面,有機溶劑100%或與此極接近時,從胡蘿卜素和膽甾醇來看,常常都是甲醇的洗脫能力強.混合比在50比1等較為特殊時,調制的誤差大,影響保留時間,或平衡化的時間長,乙腈遇到這種情況時,用甲醇的10比1混合代替乙腈,這樣操作方便些.溶劑受溫度影響時,不采用容器定量,而采用重量的方法(考慮比重),可使混合比的誤差減小.
5,分離(洗脫)的選擇性.兩者的差異,乙腈和甲醇在分離的選擇性上不同.由于有機溶劑分子的化學性質(甲醇和乙醇是質子性,乙腈和四氫呋喃是非質子性)不同所致.因此,在用乙腈類不能獲得分離的選擇性,就試用甲醇類看看
