生物信息軟件安裝篇

上一篇 / 下一篇 2010-12-23 11:18:26/ 個人分類：生物信息軟件安裝篇

平臺剛剛搭建好，需要一些常用的工具軟件的安裝，現將遇到的問題簡單記錄如下，希望能夠對有相關需要的朋友起到一定的幫助。

biopython 安裝

下載地址： http://www.biopython.org/wiki/Download 選擇適合自己機器的版本下載，我這里用到的是biopython-1.56.tar.gz 6,778 Kb -- Source Tarball
一般默認情況，系統是安裝了python的，但是并沒有安裝python-dev，這個需要安裝才能順利的安裝biopython
$ sudo apt-get install python-dev
然后進入解壓好的biopython目錄下常規的安裝就可以了：
$ tar -zxvf biopython-1.56.tar.gz
$ cd biopython-1.56
$ python setup.py build
$ python setup.py test
$ python setup.py install
OK，應該就可以搞定了！

bwa samtool 編譯安裝

目前大多的生物信息分析都圍繞著第二代測序數據，其中比較主流的應該屬于illumina GA/GA2/Hiseq數據，難免要用到比對等生物信息手段。BWA and SAMtools是一個很好配套工具。
下載地址：BWA： http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/
SAMtools：http://sourceforge.net/projects/samtools/files/
安裝比較簡單，直接解壓然后 make就可以了。
不過有些情況可能會遇到問題，可能默認系統沒有安裝zlib包，可以簡單使用一下明亮安裝相關包
$ sudo apt-get install zlib1g zlib1g-dev

blat 編譯安裝

blat已經是一個很經典的比對軟件，對其依賴也是比較多。
在安裝的過程中由于編譯環境的更新，可能會遇到這樣那樣的問題，下面將需要修改的地方羅列如下：
下載地址： http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/
(1) 由于gcc版本更新問題可能出現如下的提示信息：
common.c:1880: error: ignoring return value of ‘fgets’, declared with attribute warn_unused_result
這種情況就需要修改 src/inc/common.mk 文件，將 -Werror 字段去掉就可以順利編譯了。
(2) MACHTYPE變量問題
由于我的系統MACHTYPE變量值為x86_64-pc-linux-gnu，執行如下命令，將MACHTYPE重新賦值
$ export MACHTYPE=x86_64 #如果系統不同，需要修改成相應的值i386/i686/ ……
(3) 目錄問題
在編譯前要創建需要的目錄路徑
$ mkdir -p ~/bin/x86_64
修改了如下信息就已經可以順利的進行編譯了，編譯后將~/bin/x86_64改名移動到我習慣的biosoft目錄下。