蛋白質鑒定：shotgun 混合蛋白鑒定

原理：
針對液體或SDS-PAGE條帶的復雜混合物用酶（Trypsin）酶解成肽段混合物，這些肽段混合物再通過液相色譜分離(如2DLC(陽離子柱SCX和C18反相柱串聯)或1DLC 的C18反相柱)，再用串聯質譜測試，然后在相應的數據庫檢索進行鑒定，可同時鑒定成百上千種蛋白質。

優點：與傳統的2D-gel比，一般的說來，Shotgun方法的靈敏度要高
缺點：會丟失一部分翻譯后修飾的信息
 
儀器： Finnigan LTQ

樣品要求

1. 樣品量>300μg，濃度>0.5mg/ml
2. 含鹽量<50 mM
3. 注明樣品制備的過程及所用的裂解液成分
4. 注明樣品的組成成分（是否含脂類、色素、糖等）
5. 注明是否可以用沉淀、透析以及超濾等來除鹽及雜質
 
客戶發表的論文

• He P, He HZ, Dai J, Wang Y, Sheng QH, Zhou LP, Zhang ZS, Sun YL, Liu F, Wang K, Zhang JS, Wang HX, Song ZM, Zhang HR, Zeng R, Zhao X. The human plasma proteome: Analysis of Chinese serum using shotgun strategy. Proteomics. 2005, 5: 3442-53
• Lingbing Zhang, Yanni Lun, Dongmei Yan, Leyang Yu,Wei Ma, Bairong Du, Xun Zhu, Proteomic analysis of macrophages: A new way to identify novel cell-surface antigens. Journal of Immunological Methods 321 (2007) 80–85