飛行時間質譜 (TOF)
分析物的質荷比是根據分析物在真空飛行管中的飛行時間推算出的。飛行時間質譜的質量分析器由調制區、加速區、無場飛行空間和檢測器等部分組成。樣品分子電離以后，將離子加速并通過一個無場區，不同質量的離子具有不同的能量，通過無場區的飛行時間長短不同，可以依次被收集檢測出來。
四極桿 (Quadrupole，Q)質譜儀，從單級四極桿到三級四極桿, 功能越來越強。第一級四極桿選母離子，第二級四極桿作為碰撞室對母離子進行碰撞解離，第三級四極桿作為質量分析器完成離子分析。三級四極桿采集到的MS/MS質譜圖信息量大，并且較少發生重排反應，因而四極桿的質譜數據質量要高于離子阱串聯質譜數據。
離子阱 (Orbitrap)質譜儀，串聯質譜儀，在分析前先將離子聚集儲存，離子阱是該儀器的核心部分，既可以作為碰撞室，又可以作為質量分析器。分為線性離子阱和三維離子阱。線性離子阱具有更大的離子容量和掃描速度。
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技術原理
