中國海洋大學最新文章：基于轉錄組的代謝途徑分析
光合作用可以將光能轉化為分子形式的化學能,并儲存于植物體內, 之后再將能量傳遞給各級消費者, 這一過程在全球生態系統中起到了至關重要的作用. 海洋的初級生產力大約同陸地相當, 其主要來源是藻類植物的光合作用. 藻類的初級生產除了維持海洋中的食物網和生態系統的正常運轉外, 還在將CO2從水體表面向深海遷移過程中發揮了重要作用. 硅藻是海洋初級生產的最大貢獻者, 通過光合作用, 這一類群每年大約可以固定1016 gCO2, 相當于全球總固定量的20%. 因此, 研究硅藻的碳固定代謝途徑對于了解其在海洋生態系統中的重要作用, 深入理解碳的生物地球化循環具有重要意義.
近期來自中國海洋大學海洋生命學院等處的研究人員以瑪氏骨條藻(Skeletonema marinoi)轉錄組信息為基礎, 分析了其碳固定代謝途徑, 共發現18種酶對應的34個編碼基因, 構建了瑪氏骨條藻進行碳固定代謝途徑的通路圖，闡明該藻在不同生長周期碳固定代謝途徑對外界環境的分子響應.
這些編碼基因的序列比對結果表明, 其與假微型海鏈藻(Thalassiosira pseudonana)的同源基因具有較高的一致性. 研究人員對這些樣品進行數字基因表達譜的差異基因分析, 獲得了不同生長時期碳固定代謝途徑酶編碼基因的差異表達情況.
通過分析發現, C3和C4代謝途徑中存在表達差異的基因分別有7和3個, 其中果糖-1,6-二磷酸酶和丙酮酸磷酸雙激酶的編碼基因表達在指數生長期之后出現顯著上調. 這有助于對瑪氏骨條藻碳固定代謝途徑中關鍵編碼基因調控過程的解析, 為進一步研究硅藻的固碳機制奠定了基礎, 也為深入了解碳的生物地球化循環提供了新的研究方向.
研究人員通過對瑪氏骨條藻轉錄組測序和分析, 發現存在18個與碳固定代謝途徑相關的酶及34個對應的編碼基因. 序列比對結果表明, 這些編碼基因與假微型海鏈藻有較高的序列一致性. 基于KEGG注釋結果,分析了瑪氏骨條藻的碳固定代謝途徑, 發現瑪氏骨條藻含有類似于陸地C4植物CO2濃縮機制所需的全部酶類, 這是該類群在CO2濃度限制環境下仍然可以形成很高初級生產力的主要原因.
此外，他們還通過比較瑪氏骨條藻不同生長時期的轉錄組以及KEGG差異分析的表達結果, 發現在其碳固定代謝途徑中一些關鍵酶的編碼基因存在差異表達情況, 其中C3途徑中決定碳素最終分配去向的果糖二磷酸醛縮酶的編碼基因在衰亡期有顯著上調表達, 而C4途徑中的限速酶丙酮酸磷酸雙激酶的編碼基因在穩定期和衰亡期也表現為顯著上調. 這些編碼基因的表達變化可以影響磷酸烯醇式丙酮酸、果糖-6-磷酸以及核酮糖二磷酸等產物的產量變化, 這是瑪氏骨條藻在種群數量變化過程中能量固定和產物分配的適應性表現, 同時也是應對環境變化的分子響應.
這些能量固定和代謝途徑方面的發現, 為今后從蛋白質組、代謝組角度探索碳固定代謝途徑提供了新的思路, 也為深入了解藻類的碳固定代謝機制以及碳的生物地球化循環增添了新的認識.
