DNA提取中的常見問題分析2
A260/280比值較低？或者A260/280比值較高？
參考見解：用水作為洗脫液比較偏低，或者蛋白質殘留，但如果操作過程中使用了苯酚，則更可能是苯酚殘留。而比較高可能是大量RNA殘留，沒有使用RNaseA，或RNaseA活性下降。A260 值提示的含量與電泳檢測時提示的含量有可見的誤差則為苯酚殘留。
DNA影響后續酶反應試驗？
參考見解：
1、 在洗脫液中有殘留的漂洗液GW，可通過再次的離心去除硅膠膜上的GW。
2、 大量RNA殘留。
在緩沖液GA GB 中有白色沉淀？
參考見解：白色沉淀可能使由于低溫或長時間放置產生，可在使用前在56℃重新加熱融解。
在操作中加入緩沖液GB有白色沉淀？
參考見解：在緩沖液GB加入后產生的白色沉淀在70℃溫浴時會消失，不會影響下游的操作。
CTAB法提取DNA,CTAB為什么要預熱？
參考見解：
1、 CTAB溶液在低于15℃ 時會形成沉淀析出,因此在將其加入冰冷的植物材料之前必須預熱,且離心時溫度不要低于15℃。
2、 促進CTAB更好的溶解，以提高其釋放植物組織中DNA的效率，先達到了反應溫度，這樣實際作用時間要比不預熱短一些。
在用CTAB法提取玉米嫩葉DNA，所取到的DNA為什么是黃色或黑色而不是呈白色？
參考見解：
1、 可能是色素的問題，不同的材料會出現不同的顏色，用這些應當可以P出來東西。
2、 你取樣的時候帶上了別的東西 ，或者洗滌的時候沒有洗干凈。
CTAB法抽提DNA，95％的乙醇沉淀后，用1/10體積3mol/L的NaAc（pH5.2）和1體積的76％的乙醇洗滌后，自然晾干后加65度的TE（pH8.0），TE的量并不少，可總是溶的不好，什么原因？
參考見解：不能溶解不要緊，離心機大力離心后取上清，加入無水乙醇沉淀后在用TE重懸，提取的DNA要純些。也可以吸取溶解了的TE液加入異丙醇再次沉淀。
用CTAB法抽提的，CTAB和DTT（二硫蘇糖醇）混合后加入磨碎的葉子中，65度30分，后用氯仿/異戊醇去蛋白，吸上清加異丙醇，但沒有看見DNA，葉子的量很多，取的是四葉期最老的葉子。為什么？
參考見解：老葉子破壁困難，DNA難以釋放出來。
1、 盡量磨細葉片，最好用液氮反復幾次研磨為粉末狀；
2、 延長CTAB的作用時間，期間不時搖勻。
也可能由于葉子量太大，而CTAB量少，導致得到的液體粘稠，無法混勻，細胞破裂不完全，DNA少；可試著用大的離心管，多加入CTAB，65度溫浴并不時地搖勻。
抽提過程中的現象及可能的原因？
參考見解：
1、 核酸不溶解或者難溶解 – 蛋白質殘留 (雖然目前更多的資料強調的是過分干燥所致。)。75% 乙醇洗滌后，如果是空氣干燥，幾乎不可能過分干燥的，尤其是在南方潮濕的地方。佐證實驗：撕取少量 Merck 的絲狀CT DNA 到一個離心管中，加入無水乙醇；10 分鐘后徹底去除乙醇；待乙醇完全揮發后，加入 TE，10 分鐘后溶液就非常均勻而粘稠了。
2、 使用異丙醇沉淀核酸，沉淀為白色 – 多糖殘留。
3、 核酸溶解后為乳白色 – 多糖殘留。
4、 75% 乙醇洗滌異丙醇沉淀的核酸時，沉淀變大了。
降解的現象、原因及對策？
參考見解：降解的現象，如果拋開問題電泳所致，可以簡單總結如下：主帶不再突出，向小片段方向發生彌散，亮度比較均衡地衰減。如果同時還伴隨下列的一個或者多個現象，則需要更進一步的檢測：加樣孔非常的亮、彌散發生在主條帶位置的上下兩個方向、從加樣孔即開始發生彌散。以現在的裂解液的裂解能力而言，降解的發生主要是在徹底勻漿之前，只有極少量由不干凈的溶解液導致。以總 RNA 抽提為例，本站就有帖總結為：總 RNA 的質量由高到低依次為懸浮細胞、貼壁細胞、組織 (此處的質量不僅指純度，也指完整性才對)。徹底裂解懸浮細胞的時間最短，徹底裂解組織的時間最長，這就是降解多發生在徹底勻漿之前的一個佐證。再看一看新鮮樣品和冷凍保存樣品，非常嚴格的冷凍保存和勻漿操作的確可以確保冷凍樣品的核酸的質量；但是，有許多實驗室并不具備嚴格的保存手段，實驗人員的操作也并非完美，其結果就是核酸的降解。
RNA 抽提受的影響因素太多，就以基因組 DNA 的抽提為例看一看吧。假定消化使用的是含蛋白酶 K 的溶液，無論你使用的是新鮮樣品還是冷凍保存樣品，如果混勻徹底，可以預期的降解為：細胞 – 不應該降解，碾碎的組織 – 不應該降解，大塊組織 (包括鼠尾) – 部分降解。如果電泳發現新鮮的細胞和碾碎的新鮮組織發生了降解現象，該現象是假象；如果電泳發現冷凍的細胞和碾碎的冷凍組織發生了降解現象，該現象不是假象，就是樣品在保存中已經降解了。說得更極端一點，即使蛋白酶 K 失活了，消化試劑的裂解能力也足以保證細胞的基因組 DNA 在抽提過程中間不被降解。減少或者杜絕核酸降解，一定要將重點放在樣品被徹底勻漿之前。樣品的保存在前面已經說過了，不重復。其次就是要縮短樣品從脫離原來的生存環境或者低溫到被徹底勻漿之間的時間。
后續酶反應失敗？
參考見解：首先從資料書中著手。如果三次實驗后，問題還沒有解決，那么 90% 的可能在于洗滌方式的不嚴格導致的小分子物的殘留。小分子物像刀，可以陸續“殺”死很多酶；大分子物如蛋白質，像繩子，只能“捆住”一個目的核酸或者酶。更嚴格的洗滌可以解決該問題。
蛋白質是如何殘留的？
參考見解：
1、 PC 純化：a-取上清時取到中間層及下層；b- PC 用量不足；c-混勻不徹底；d-溶解于上清中的少量 PC 中含有的蛋白質。
2、 高鹽沉淀：a-取上清時取到了蛋白沉淀；b-裂解不徹底；c-裂解液用量不足，使裂解體系太粘稠；d-溶解度問題 (可以使用低溫沉淀加以改善)。介質：a-裂解不徹底；b-裂解體系太粘稠。
小分子物質 (苯酚、鹽) 是如何殘留的？
參考見解：
1、 醇沉淀：洗滌不徹底。其原因與管子、操作手法等有關。
2、 介質：顆粒狀介質的原因與醇沉淀相同。柱式的幾乎都是柱子設計上的缺陷所致，極少數由操作者未嚴格按要求操作所致。
核酸抽提中的溫度問題？
參考見解：核酸抽提中的溫度問題，也是一個值得關注的問題。首先要明確的一點是，任何一個溫度條件，對某些方面有利，同時也一定會有不利的一面。如沉淀，低溫操作會提高得率，但也會增加雜質的殘留。任何一步操作該用什么溫度為好，應該是利弊權衡的結果。基本上，除了一些特殊的步驟，如消化等外，用室溫是最好的選擇。那些認為“低溫操作可以防止或者減少降解”之類的理由，并沒有多少可操作性的。低溫的確可以減低酶的活性，但低溫同時也降低了這些酶被裂解液中的試劑滅活或者抑制的速度，此消彼長，沒有辦法給出結論的。就 RNA 抽提而言，徹底勻漿前在冰上操作可以降低 RNA 被降低的風險，徹底勻漿后的溫度對 RNA 的完整性影響已經不會大的；如果發現影響很大，說明 RNase 沒有被裂解液有效抑制，提示裂解液的用量不足。更沒有道理的是認為低溫沉淀和低溫洗滌可以防止降解了。事實上，核酸一旦被沉淀下來，對酶的耐受力是很強的，這就是核酸保存在醇溶液中最穩定的理論基礎。如果說沉淀使用低溫還可以提高得率，洗
