一般來講PCR升降溫速度越快，實驗需要的時間越少。需要的時間越少，意味著在中間溫度可能產生的非特異擴增越少。并且，通常升降溫速度，也從側面體現了儀器控溫能力的好快。
PCR儀就價格來看，每秒變溫越多（現在主流的是每秒4到7攝氏度），價格就越高，儀器越好。主要因為加熱模塊材質的差別。
設置步驟：
1. 在主菜單上點擊 New Protocol。
2. New Protocol 界面顯示圖形視圖模式的程序（圖3）。點擊相應的按鍵設定對應的參數：
*溫度
*時間
*循環數
*GOTO 循環開始步驟
*樣品體積
*熱蓋溫度
3. 如果想選擇一個步驟，點擊溫度鍵以外空白區域，該步驟會高亮顯示。此時可在該步驟后增加新步驟、刪除所選步驟或重新輸入該步驟的參數。
4. 點擊 Insert 按鍵增加實驗步驟。菜單會顯示所需增加的步驟類型。溫度固定的步驟選擇Temperature，溫度梯度步驟選擇 Gradient，典型循環步驟（變性，退火和延伸）選擇 GOTO。
5. 點擊 Delete，刪除實驗步驟
6. 如果實驗步驟需要設置高級參數，如溫度，增減溫度，時間，延伸時間，梯度和升降溫速率，請點擊 Options。
7. 點擊 Save 保存程序
8. 點擊 Run 運行程序。如果無需保存，可在設置過Run程中隨時點擊 開始運行。
設定溫度：
設定溫度(范圍4.0-99.0度,最小單位為0.1度),時間(范圍0:00:01-9:59:59,最小單位為秒)。
溫度單位是攝氏度,時間順序為小時、分鐘、秒,可選指令TEMPRETURE INCREMEN每個循環溫度修整量。
“+”表示升溫,“-”表示降溫,設置范圍0.0-10.0度,最小輸入單位0.1度。TIME INCREMENT每個循環時間修整量。
“+”表示時間增加,“-”表示時間減設置范圍0.00:01-0:01:00,最小單位為1秒RAMR加熱/冷卻的最大梯度。
設置范圍0.3-3.0度/秒,最小單位0.1度/秒RAMP NCREMEN于每個循環的梯度修整量。設置范圍0.0-1.0度/秒最小單位0.1度/秒。
