發根農桿菌用于獲得轉基因植物和培育作物新品種
對Ri質粒T-DNA進行改造，可以構建出新的具有目的基因和標記基因的Ri質粒，用改造型Ri質粒的發根農桿菌感染植物細胞，可以將目的基因導入植物組織，并可再生出轉基因植物，所以發根農桿菌為遺傳工程改良植物抗性和品質提供了一條十分有效的途徑。1985年，Ooms等用發根農桿菌轉化甘藍型油菜的子葉，得到轉基因油菜，其皺葉等異常表型可以遺傳。同年，Arlette等用發根農桿菌Ri質粒的T-DNA轉化胡蘿卜，煙草，牽牛等植物葉片，從遺傳轉化的毛根再生出完整植株。Comai等用含沙門氏桿菌aroA基因的pRiA4的TL-DNA的發根農桿菌轉化煙草，獲得耐草甘膦(Glyphosate)的轉基因植株。Robaglia等用含nptⅡ基因的中間載體的發根農桿菌轉化煙草，獲得抗卡那霉素的轉化根與再生植株。1989年，何玉科用發根農桿菌轉化甘藍型油菜等作物，獲得了含其T-DNA的轉化根；用發根農桿菌LBA9402的遺傳轉化作用，從甘藍下胚軸切段誘導出含T-DNA的轉化根，并由其再生出小植株。1988年，張蔭麟用發根農桿菌15834感染賽莨菪葉片，獲得產生生物堿的轉化根；1992年，他又用發根農桿菌感染金蕎麥無菌苗，誘導出發根。1999年，王沖之等用發根農桿菌15834感染西洋參無菌苗切段獲得發根，PCR分析證實ro1C序列整合入轉化植株的染色體組。
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